自己遇到了这个问题，也找了很久才解决，就整理一下，希望对大家有帮助！
操作系统：WINDOWS-XP 系统
数据库版本：mysql 5.x
提示：access denied for user 'root'@'localhost' using password yes/no
原来都好好的，今天开机上来提示上面的这个错误，重启 MySQL 还是不可以。
注意我这里的环境是 WINDOWS-XP 系统，LINUX 系统下的操作没有验证过，情况不清楚。
1. 管理员登陆系统，停止 MySQL 服务或者结束 MySQL 进程。
2. 启动 WINDOWS 的命令行窗口（即通常的 DOS 窗口：运行cmd），切换到你的 “MySQL\bin” 目录下。
例如我的是 “D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.2\bin”，然后执行下面的粗体的命令：（注意你的 “my.ini” 位置）
Microsoft Windows XP [版本 5.1.2600]
(C) 版权所有 1985-2001 Microsoft Corp.
C:\Documents and Settings\Administrator>cd D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.2\bin
C:\Documents and Settings\Administrator>d:
D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.2\bin>mysqld --defaults-file="D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.2\my.ini" --console --skip-grant-tables
100608 9:04:12 InnoDB: Started; log sequence number 0 46409
100608 9:04:12 [Note] mysqld: ready for connections.
Version: '5.2.0-falcon-alpha-community' socket: '' port: 3306 MySQL Community
Server (GPL)
100608 9:06:57 [Warning] Found invalid password for user: 'root@localhost'; Ign
oring user
只要出现上面信息，就说明 MySQL 已经起来了。
3. 不关闭此命令行窗口，重新打开一个命令行窗口，同样切到 “MySQL\bin” 目录下，然后执行下面的粗体的命令：
Microsoft Windows XP [版本 5.1.2600]
(C) 版权所有 1985-2001 Microsoft Corp.
C:\Documents and Settings\Administrator>cd D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.2\bin
C:\Documents and Settings\Administrator>d:
D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.2\bin>mysql -u root mysql
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 1
Server version: 5.2.0-falcon-alpha-community MySQL Community Server (GPL)
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.
然后，就是重新设置密码了！
mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD('root') where USER='root';
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)
Rows matched: 1 Changed: 1 Warnings: 0
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> quit
Bye
4. 好了到此步，可以关闭第一个 DOS 窗口了（关闭服务）。打开系统服务控制窗口（控制面板--管理工具--服务），启动 MySQL 服务。
5. 在剩下的第二个 DOS 窗口中，用新的 ROOT 密码连接 MySQL。
D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.2\bin>mysql -u root -p
Enter password: ****
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 1
Server version: 5.2.0-falcon-alpha-community-nt MySQL Community Server (GPL)
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.
mysql> quit
Bye
至此，系统恢复 ROOT 用户管理权限完成，就是管理员密码的问题，奇怪，官方安装的时候不给出解决方法，貌似已存在很久了。。。
真不容易 终于windows下mysql搞起来了 Linux下一步到位的东西 windows搞起来问题多多啊