"大家现在都知道 '钱学森之问'，认为这是他晚年的忧虑所在。但我觉得大家的理解不太全面。其实，他真正的忧虑来自两个方面。"
俞鸿儒说："钱所长的另一个忧虑是：'我国科学技术人员有重要创新吗'？"他介绍说，钱学森在1995年给王寿云等六同志的信中曾提到，1960年代，我国科技人员先于"夸克"理论提出了"层子"理论、率先合成了人工胰岛素、成功实现了氢弹引爆独特技术，"但是今天呢？我国科学技术人员有重要创新吗？我认为目前太迷信洋人了，胆子太小了！如果不创新，我们将成为无能之辈！"念钱学森信中的这段话时，俞鸿儒语气凝重。
他认为，钱学森的上述忧虑没有被广泛报道。
俞鸿儒同时指出，在提到 "钱学森之问"时，人们通常认为，钱学森说的是杰出人才的培养。"这没有错。但他说的不是一般的人才培养问题，而是科技创新人才的培养问题。"
在他看来，这两个忧虑的核心都是关于创新的。
那么，究竟什么是创新？俞鸿儒说，"创新"可以理解为"创造"，也就是首创前所未有的事物；也可以理解为"革新"，即渐进性的改进。按照他的理解，钱学森所指的"创新"，是创造而不是革新。他引用钱学森的话："是不是真正的创新，就看是不是敢于研究别人没有研究过的科学前沿问题，而不是别人已经说过的东西我们知道，没有说过的东西，我们就不知道。"
俞鸿儒认为，如何对待"创造" 和"革新"，关系到我们能否获得真正的创新。在他看来，相对于"创造"，"革新"较易实行，风险小，也便于管理，广受一线科研人员和科技管理人员的欢迎。但如果对"创造"活动采用同样的方法管理，将使其处境艰难。"革新很重要，大多数人要做革新，但是，不能让革新代替创造，也不能让革新消灭了创造。"
他现身说法：他曾经有一个全新的研究思路，去申请科研经费，但一看项目申请表，发现："根本没法填--探索性工作结果难料，哪能定死什么时间用什么具体方法去完成，每个研究阶段要用多少经费？"后来，中科院决定资助他200万元，只签了个协议，"问题是，我行，年轻人行吗？"
"我今天跟你们基金委说这个事情，是希望你们好好研究下，怎么才能更好地支持创造。科研管理部门不能用管革新的方法管创造。"俞鸿儒直言不讳。