安装R语言扩展包diveRsity-1

今天去了学院的运动会呢～扮熊本熊超开心～写完这篇我补上我的图么么哒

××××××××××××文末高能预警！！！！！这个包的安装并不是本周的任务！！！！！我真是萌萌哒××××××××××××××

×××××××××××××××××××××××××××我是熊本分割线××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××

安装diveRsity:

好吧，回看官网，说的是

那么。。那几个包都要装了啊。。

Rcpp直接装，

ggplot2需要装digest，gtable，MASS，plyr，reshape2（stringr(stringi，magritti)），scales(RColorBrewer，dichromat，munsell(colorspace)，labelling)

shiny需要装

qgraph需要装 

psych: foreign和mnormt

lavaan: quadprog和pbivnorm

sem: matrixcalc，boot和mi(matrix(lattice)和arm(nlme，coda，abind和lme4(nloptr和minqa和RcppRigen)))

Hmisc: survival, Formula, latticeExtra, cluster, rpart, nnet, gridExtra, data.table(chron), viridis, htmltools, htmlTable(knitr(evaluate, formatR, highr, markdown, yaml)) 

igraph: irlba和NMF(pkgmaker(codetools, registry), rngtools, gridBase, foreach(iterators), doParallel, reshape2)

sna: statnet.common和network

huge: igraph(irlba)

d3Network: rjson和whisker

嗯。。finally

××××××××××××××××××××啦啦啦我是分割线×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××

Shannon diversity: 估算群落多样性的高低

计算公式：R是总物种数，pi是第i个物种占总数的比例

其他多样性指数的介绍可以参考这一篇：

http://wenku.baidu.com/link?url=DWOFlUMQvinjaye4SJhi37pVO9fG6NTQTQdUvBjcR_V0cBhZg3EL63D-AIHozokH01AVDZYdXKNbI04nCY6aSj8DJPOoJ-VRDj4Yr0C2ppW

××××××××××××××××××××啊啊啊啊啊我要疯掉了××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××

这个包根本不用装！！！！shannon diversity的计算是vegan的一个函数！！！！！！

(0) 设置工作路径

setwd("/home/pxy7896/Desktop")

(1) 读取文件 

mydata = read.table("testSh.txt") # 此处是有问题的！！！！！

(2) 将table数据转化为矩阵

安装spaa包，导入

library(spaa)

所以啊。。。回去乖乖加表头=。=

加在testSh.txt中并没有什么用，仍然报错。。。help(read.table)，告诉我，要设置header为TRUE

这样表头就被解析出来了。

testSh.txt里面的内容现在是这个样子的：

这样，执行data2mat函数，就可以得到矩阵了。

(3) 计算

(4) diversity函数里其他的东西呢？(Shannon, Simpson, and Fisher diversity indices and species richness.)

4.1 diversity(x, index = "shannon", MARGIN = 1, base = exp(1))

x是数据，矩阵或向量

index是shannon simpson invsimpson

margin是？？Margin for which the index is computed.

base是shannon里用到的log底 

4.2 specnumber(x, groups, MARGIN = 1)

groups: A grouping factor: if given, finds the total number of species in each group.

计算每个plot里的物种数（不是abundance，是指有几个物种）

s = specnumber(mymat)

4.3 fisher.alpha(x, MARGIN = 1, ...)