生物信息学练习1-综合使用软件

本次的任务是对三组儿童的肠道宏基因组测序序列进行数据挖掘。我负责的是2-3 years old，control，十个双端测序数据。

*****************************************我是分割线***********今天没有心情卖萌**************************************************************

Step1:

新建文件夹：20161205

bowtie2-build /home/pxy7896/Desktop/20161205/GCF_000001405.35_GRCh38.p9_genomic.fna human

Step2:查看数据的质量。是否与人类基因组近似？

Step3:

描述物种分类

for f in *.fastq.gz

do

metaphlan2.py $f --input_type fastq --nproc 4 > ${f%.fastq.gz}_profile.txt

done

合并表格

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/merge_metaphlan_tables.py *_profile.txt > merged_abundance_table.txt

绘制热图：

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/metaphlan_hclust_heatmap.py -c bbcry --top 25 --minv 0.1 -s log --in merged_abundance_table.txt --out result/abundance_heatmap.png

感觉应该把pe-1和pe-2放在一起，而且pe-1和pe-2的差距本就不大。所以尝试合并的情况：

IDs="G45084 G45072 G45071 G45109 G45125 G45124 G45049 G45054 G45121 G45099"

for s in ${IDs}

do

metaphlan2.py ${s}_pe_1.fastq.gz,${s}_pe_2.fastq.gz --bowtie2out result1/${s}.bowtie2.bz2 --nproc 5 --input_type fastq > result1/profiled_${s}.txt

done

查看cpu情况：

然后合并表格：

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/merge_metaphlan_tables.py profiled_*.txt > merged_abundance_table.txt

重新绘制热图：

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/metaphlan_hclust_heatmap.py -c bbcry --top 25 --minv 0.1 -s log --in merged_abundance_table.txt --out abundance_heatmap.png

修改命令，展示所有的种类，而非top25 ，并修改精度为 0.01

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/metaphlan_hclust_heatmap.py -c bbcry --minv 0.01 -s log --in merged_abundance_table.txt --out abundance_heatmap_2.png

Step4:

使用上一步得到的merged_abundance_table.txt，画cladogram。

**************************************************此处开始用的是我自己的电脑，后面绘图的部分今晚填坑******************************************************************************

/home/pxy7896/.linuxbrew/Cellar/graphlan/0.9.7/bin/export2graphlan.py --skip_rows 1,2 -i merged_abundance_table.txt --tree merged_abundance.tree.txt --annotation merged_abundance.annot.txt --most_abundant 100 --abundance_threshold 1 --least_biomarkers 10 --annotations 5,6 --external_annotations 7 --min_clade_size 1

/home/pxy7896/.linuxbrew/Cellar/graphlan/0.9.7/bin/graphlan_annotate.py --annot merged_abundance.annot.txt merged_abundance.tree.txt merged_abundance.xml

/home/pxy7896/.linuxbrew/Cellar/graphlan/0.9.7/bin/graphlan.py --dpi 300 merged_abundance.xml merged_abundance.png --external_legends

看一下啊=。=

***********************************************************************填坑专用链接哦==*******************************************************************************

https://bitbucket.org/nsegata/metaphlan/wiki/MetaPhlAn_Pipelines_Tutorial

PS:

1. 单独查看内存使用情况的命令：free -m;查看内存及cpu使用情况的命令：top，再输入1

也可以安装htop工具，sudo apt-get install htop

安装完后，直接输入命令：htop

2. 远程连接

http://www.linuxidc.com/Linux/2016-06/132442.htm

参考上面这篇设置好ubuntu后，记录ubuntu的ip地址（ifconfig）

然后在win7下使用软件RealVNC ，输入ip和密码即可。

https://www.realvnc.com/download/viewer/