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  • 1、misa统计SRR结果

    参考:

    https://www.sogou.com/link?url=hedJjaC291NYNxVe4xgB4c3bUxXRMqZrT93cntTAgYfyBbRAdP9kIA..

    https://liucheng.name/457/

    官网下载:

    https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=3&help=2  ##下载misa

    https://webblast.ipk-gatersleben.de/misa/index.php?action=3&help=3  ##下载p3_in.pl  p3_out.pl

    1、运用misa:perl  misa.pl  prefix.10k.fa  ##fa序列必须有两个点隔开 生成 ,并且misa.pl 的同一目录下有参数文件misa.ini  。生成结果prefix.10k.fa.misaprefix.10k.fa.statistics 

    prefix.10k.fa.misa   :以表格的形式列出微卫星的类型和位点;

    prefix.10k.fa.statistics :统计微卫星的类型和频数;

    2、perl p3_in.pl prefix.10k.fa.misa   ##对prefix.10k.fa.misa 增加参数是适应primer3_core 的输入格式,输出结果是 prefix.10k.fa.ssr.p3in

    3、primer3_core 运行生成 、home/renpp/biosoft/primer3/primer3_core <prefix.10k.fa.ssr.p3in >prefix.10k.fa.ssr.p3out    ##输出结果是prefix.10k.fa.ssr.p3out

    4、p3_out.pl 对设计好的引物进行处理,生成自然阅读的格式 perl  p3_out.pl  prefix.10k.fa.ssr.p3out  prefix.10k.fa.misa    ##生成结果是prefix.10k.fa.ssr.p3out.primer.xls

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/renping/p/10938081.html
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