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  • 15、TSA数据上传(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide/#SP)

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsa/

             https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide                                                 ###TSA提交流程

             https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tbl2asn2/                                                ###

             ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/converters/by_program/tbl2asn/          ###tbl2asn工具下载页面,有win,linux版本

             https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53709/#gbankquickstart.Submission_using_tbl2asn

             https://wenku.baidu.com/view/1fac238f4431b90d6d85c750.html

             http://downloads.asperasoft.com/

    1、SUBMITTER

          提交者的一些信息

    2、GENE INFO

         1):bioproject           PRJNA395283

          2):biosample         SAMN07374786   SAMN07374806 

         3):SRA run accession

               SRR5877206,SRR5877205,

               SRR5877204,SRR5877203

          4):assembly metadata

              assembly method                             #组装方法

              version or data program was run     #版本

              description of assembly method      #组装方法描述

              sequencing technology                    #测序平台

    3、FILE       

            file type (默认)

           TSA submitter guide       #进入界面链接

                     structured comment template           #填写组装结构信息并下载    assembly.cmt           https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/structcomment/nongenomes/

                     template.stb                                     #联系人和数据所有者并下载   template.sbt            https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/template.cgi

                                    Reference title(文章)   :       

                                    Publication status:A.Unpublished   B.In-press   C.Published

    4、SEQUENCE

              上传*.sqn文件

              tbl2asn -t *.sbt -i *.fa -w *.cmt -M t -a s -j "[organism=...][moltype=mRNA][SRA=SRR...,SRR...][tech=TSA]"   具体参数根据实际情况填写,所给文件名一定要与文件夹中文件名字一致,且不能有空格,空格用_代替。

             

             

               

           

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/renping/p/7267176.html
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