[TJOI2017]DNA
题目描述
加里敦大学的生物研究所,发现了决定人喜不喜欢吃藕的基因序列S,
有这个序列的碱基序列就会表现出喜欢吃藕的性状,但是研究人员发现对碱基序列S,任意修改其中不超过3个碱基,依然能够表现出吃藕的性状。
现在研究人员想知道这个基因在DNA链(S_{0})上的位置。
所以你需要统计在一个表现出吃藕性状的人的DNA序列(S_{0})上,有多少个子串可能是该基因,
即有多少个(S_{0})的子串修改小于等于三个字母能够变成S。
输入输出格式
输入格式:
第一行有一个数T,表示有几组数据
每组数据第一行一个长度不超过(10^{5})的碱基序列(S_{0})
每组数据第二行一个长度不超过(10^{5})的吃藕基因序列S
输出格式:
共T行,第i行表示第i组数据中,在(S_{0})中有多少个与S等长的连续子串可能是表现吃藕性状的碱基序列
输入输出样例
输入样例#1:
1
ATCGCCCTA
CTTCA
输出样例#1:
2
说明
对于20%的数据,(S_{0}),S的长度不超过(10^{4})
对于20%的数据,(S_{0}),S的长度不超过(10^{5}),0<T<=10
作为后缀数组的模板集成题来做的。
首先考虑一个比较容易想到的事情.
(S_{0})大串中存在长度和(S)相同的串只有(n)个
因此只要一个一个暴力判断就好了。
怎么判断快一点??
比如串'ACGAC'和串'ACAAC'
前面的'AC'相同,因此可以直接调用。
到了'G'和'A'不同,来一个(tim)计数器表示失配了几次,此时,(tim++)
接下了后面的'AC'相同,因此这个子串和模式串只有一处不同。
可以发现,每当(tim<=3)匹配完成一次时,(ans++)
那么,怎么得到'AC'相同这个过程??
用后缀数组的LCP或者哈希二分LCP或后缀树跑LCP即可
后缀数组复杂度(O(n log n + n * 6)) = (O(n log n))