和 ISA Server 2004 相比，ISA Server 2006 主要具有以下更新：
-
所有包含在ISA Server 2004 SP2中的新增特性，如BITS缓存、HTTP压缩支持、基于DiffServ协议的HTTP优先级等；
-
增强了对OWA发布和多个Web站点发布的支持，并新增了对SharePoint Portal Server发布的支持；
-
新增了单点登录特性，支持针对通过某个Web侦听器所发布的所有 Web 服务的单点登录；
-
新增了服务器场功能，支持通过多个Web服务器组成服务器群集以实现负载均衡，并且此特性无需Windows的NLB或群集支持；
-
强化了DDOS防御功能，极大的增强了对于DDOS攻击的防范能力；