1、首先，linux系统是一种非常复杂的系统，很多电脑高手都难以全部吃透该系统，也正因为这个系统的复杂性，很少有人能搞得了，所以系统会相对安全一些。但是它的缺点是，没法调试，即便是有问题或者漏洞也很难去处理。如果有严重的问题只能重做系统，全部格式化，重新上传数据。然而尽管linux存在这些缺点，但是善于挑战的客户还是喜欢用这个系统，这源于linux系统是相当稳定和安全的，一般情况下，客户装一个系统几年都不用动。
2、 windows系统属于微软的产品，也是一种大众化的系统，远程有类似电脑一样的桌面来管理，很多东西都是可视化的，出现问题都可以来调试和解决，对于部分地区ping值大的问题，也可以通过加路由表来解决网速问题。以后即便是会被入侵或者是系统出现问题，只需重做一下系统，无需格式化硬盘，所以不牵涉再次上传数据的问题。小付个人觉得对电脑和服务器知识不是很懂的客户windows系统是最佳的选择。
然而windows系统的缺点就在于安全性上稍低一些。