J-Link 是使用过程中，如果内部固件意外损坏或丢失，请参考下面操作步骤说明，重新烧录J-Link固件。
1.1 安装固件烧录软件
请ATMEL官方网址下载AT91-ISP下载软件。软件下载地址：http://www.atmel.com/dyn/products/tools_card.asp?tool_id=3883
在打开的网页中，下载下图中红色框所示软件。
安装下载好的Install AT91-ISP v1.13.exe软件
双击Install AT91-ISP v1.13.exe运行，选择默认设置，安装好以后，桌面上生成如下两个图标。
1.2 擦除芯片并进入编程模式
打开J-Link 外壳，见到J-Link内部电路如下图所示。
使用USB线连接J-Link与PC机，以提供JLINK工作电源。
短接图中A的两个过孔约5秒。断开A位置的两个过孔的短接。然后拔掉J-Link与P C间的USB线（注意先后顺序）。
短接图中,B处的两个过孔。
使用USB线连接J-Link与PC机，至少超过10秒后，拔掉USB线，停止给J-Link供电（说明：请确保此过程中，图中B处一直处于可靠的端接状态）。
断开图中B处的短接。
1.3 更新固件
双击桌面上的SAM-PROG v2.4图标 ，运行SAM-PROG v2.4烧录软件，按下图所示进行设置。
将Jink V8通过USB线与PC机连接。此时，SAM-PROG v2.4软件中的Write Flash按钮将变为有效。（注意，先打开SAM-PROG v2.4再连接J-Link 与PC机）。
点击Write Flash 按钮，烧录固件，待烧录完成后,Active Connection：将变为1。
拔掉J-Link与PC机之间的USB线。
至此,J-Link V8的固件已经更新完毕，正常情况下，连接电脑与J-Link时，J-Link的指示灯将闪烁，然后常绿。请参照J-Link V8用户手册说明，使用J-Link V8进行调试仿真。