安装JDK后，Java目录下有jdk和jre两个目录，但jdk下还有一个jre目录，而且这个jre比前面那个jre在bin目录下少了个server文件夹（Server端的Java虚拟机）！前一个jre俗称通用jre，后一个俗称内置jre。如下图所示：
两个jre大体相同，有细微的差别。
JDK里面有很多用Java所编写的开发工具（如javac.exe、jar.exe等），而且都放置在 lib ools.jar 里面，它们本身运行的时候必须自行附一套JRE才行；所以开发人员需要 java 开发环境，安装jdk时，内置jre在JDK安装过程中会自动安装。
通用JRE则是用来执行我们自己编写的JAVA程序；所以普通用户装通用jre即可。
注意：因为编译时，系统找的是jdk下的jre，而不是最外层的jre。这意味着外层jre不能用于调试，否则会报错，例如在eclipse中会提示Unknown Source
再说三个lib
JDK下的lib包括java开发环境的jar包，是给JDK用的，例如JDK下有一些工具，可能要用该目录中的文件。例如，编译器等。
JRE下的lib只是运行java程序的jar包，是为JVM运行时候用的。包括所有的标准类库，和扩展类。
JDK下的JRE下的lib是开发环境中，运行时需要的jar包。最典型的就是导入的外部驱动jar包。因为编译时，系统找的是jdk下的jre。而不是最外层的jre。
最后我在这里补充几点:
1. 在使用Eclipse的时候不需要指定的CLASSPATH,Eclipse会自己搜索.
2. 独立目录下的jre是通用jre,安装时是可选的（选择了，则会覆盖已有版本）。jdk目录下的jre则是必须的。如果你在eclipse里指定jdk的路径（jre的路径不用你指定，会自己去找的，用的就是这个内置jre。而java, web, start等，用的则是通用jre。
更详细深入分析请参考文章：http://blog.sina.com.cn/s/blog_9ba71d0b01014bux.html