1.在lammps中通过car文件导出data文件
(进入工作目录xxx
cd xxx/
msi2lmp.exe xxx -class I -frc clayff -i -ignore > out.log
生成后xxx文件夹会有data生成，可检查一下data力场对不对，不对的话检查一下frc_files里面的clayff.frc参数准不准。)
2.计算命令说明：
source /opt/software/impi/mpivars.sh （注意：只有source后边是有空格，其他的没有空格）
nohup mpirun -np 4 lmp_mpi < xxx.in > xxx.out &（计算文件名，如：mmt422.in）
(4代表4核，也可以选择8,10等，nohup是放在后台计算后，电脑关机了也不停止)
其中，<：输入 >：输出 &：放到后台计算
top： 进入后台，q ：退出来
ctrl +C 停止计算 ——前台跑
kill +空格+流程号 ——后台跑
kill -9+空格+流程号 ——后台跑（如果计算错误，可以通过这个强势停止）
ssh node02 回车（进入新服务器）
3.输入计算命令：
lmp_mkl < xxx.in > xxx.out & (后部分的out文金价可以不生成出来)
nohup mpirun -np 4 lmp_mpi < elastic.in > elastic.out &
nohup mpirun -np 4 lmp_mkl < elastic.in > elastic.out &（计算文件名，如：mmt422.in）
lmp_mpi 和 lmp_mkl 是代表不同版本的的lammps，低版本的lammps可能不包含一些特殊的命令，最好使用高版本，这样避免in文件中一些命令无法运行。
4.非周期性边界的设置：
boundary p p f #f：非周期性和固定
kspace_style ewald 1.0e-6
kspace_modify slab 3.0 （一定要有这一行，这行命令将z方向的静电作用力关掉，没有这一行命令无法计算）
5.定义变量——多种方式
variable filename1 index npt #定义文件名
variable pz equal 1
6.设置原子电荷
set type 1 charge 1.50133929 #ao 由1.575改为1.49507186
set type 2 charge 2.03265323 #st 由2.1改为 .... ，为了实现电荷平衡
set type 3 charge -1.05 #ob
7.分组group
#分别设置高岭石和水分子组
group mmt type 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
group wat type 12 13
#需要用到的组。 subtract减法、减去、删除；intersect 相交；union 加法、联合
group thermonvt union down2 up2
group up union up1 up2 up3
group down union down1 down2 down3
group topAtom id 3957 #该id号是基体顶部的ob，原子id号来分组
8.shake控制水分子的键和角
#模拟过程中，水分子的键长和健角使用shake方法保持不变
fix WT wat shake 0.0001 20 0 m 1.00797
9.nvt系综的设定
fix 1 all nve
fix 2 thermonvt langevin 300 300 100.0 699483
10.对某区域固定不动
fix 3 down1 spring/self 500.0 xyz #在三个方向约束down1，保持不动
11.在模拟过程中使用下面的命令使结构保持不变，同时调节水的密度
fix 4 up3 setforce 0 0 NULL
fix 5 up3 aveforce 0 0 0