微信是腾讯采用自己开发的协议做的，其他市面上很多产品大都是采用XMPP协议，包括米聊在内之前也是这样子。
采用XMPP协议，服务端可以采用OpenFire搭建，客户端有个开源的叫asmack的东西，google下可以找到。
如果人手少，时间紧，建议采用XMPP，很快就可以出来东西。
如果各方面都充足，还是直接采用tcp来做吧，客户端与服务端维持一个tcp长连接，通过定时发心跳包来保持，这个就需要有服务端高手，要考虑到高并发性等等。这样做的方式就比较灵活了，数据都是通过tcp来发送、接受，可以自己制定各种协议。
如果是个人开发者，给个网址你去看看www.parse.com，提供免费的push服务，完全也可以实现类似即时通信的要求，缺点是服务器是别人的，可能有数据量限制。