代码混淆(Obfuscated code)亦称花指令，是将计算机程序的代码，转换成一种功能上等价，但是难于阅读和理解的形式的行为。代码混淆可以用于程序源代码，也可以用于程序编译而成的中间代码。执行代码混淆的程序被称作代码混淆器。目前已经存在许多种功能各异的代码混淆器。
将代码中的各种元素，如变量，函数，类的名字改写成无意义的名字。比如改写成单个字母，或是简短的无意义字母组合，甚至改写成“__”这样的符号，使得阅读的人无法根据名字猜测其用途。重写代码中的部分逻辑，将其变成功能上等价，但是更难理解的形式。比如将for循环改写成while循环，将循环改写成递归，精简中间变量，等等。打乱代码的格式。比如删除空格，将多行代码挤到一行中，或者将一行代码断成多行等等。
代码混淆器也会带来一些问题。主要的问题包括：
被混淆的代码难于理解，因此调试以及除错也变得困难起来。开发人员通常需要保留原始的未混淆的代码用于调试。对于支持反射的语言，代码混淆有可能与反射发生冲突。代码混淆并不能真正阻止反向工程，只能增大其难度。因此，对于对安全性要求很高的场合，仅仅使用代码混淆并不能保证源代码的安全。
Java是一种跨平台的、解释型语言，Java源代码编译成中间“字节码”存储于class文件中。由于跨平台的需要，Java字节码中包括了很多源代码信息，如变量名、方法名，并且通过这些名称来访问变量和方法，这些符号带有许多语义信息，很容易被反编译成Java源代码。为了防止这种现象，我们可以使用Java混淆器对Java字节码进行混淆。
混淆就是对发布出去的程序进行重新组织和处理，使得处理后的代码与处理前代码完成相同的功能，而混淆后的代码很难被反编译，即使反编译成功也很难得出程序的真正语义。被混淆过的程序代码，仍然遵照原来的档案格式和指令集，执行结果也与混淆前一样，只是混淆器将代码中的所有变量、函数、类的名称变为简短的英文字母代号，在缺乏相应的函数名和程序注释的情况下，即使被反编译，也将难以阅读。同时混淆是不可逆的，在混淆的过程中一些不影响正常运行的信息将永久丢失，这些信息的丢失使程序变得更加难以理解。
混淆器的作用不仅仅是保护代码，它也有精简编译后程序大小的作用。由于以上介绍的缩短变量和函数名以及丢失部分信息的原因， 编译后jar文件体积大约能减少25% ，这对当前费用较贵的无线网络传输是有一定意义的。