最近北大一个团队给单独的卵细胞测序成功,成果发表在了《细胞》上。我突然想到,给每个细胞的基因测序有什么用?难道每个人身上细胞携带的遗传信息不是都一样的吗?还是说科学家通过单细胞测序,发现了细胞与细胞之间基因图谱是不同的?
单细胞测序这种强大的技术可以提供更全面的肿瘤组织基因型特征 避免目前因为对肿瘤组织取样位置的不同 而得到不同的病理检查结果这种比较难以解释的局面 但是说实话 这技术能真正临床应用 还有好长好长的路要走~
这么分析很明了:
单细胞RNAseq的意义:不同细胞的基因表达不同,研究不同细胞、组织乃至器官基因表达差异有助于我们加深对遗传发育以及机体不同组织和细胞基因表达调控的规律,这点极其重要,已取得广泛共识。
单细胞DNAseq的意义:相比前者共识较少。但是首先我们要知道其实一个个体的所有细胞并不是拥有绝对相同的基因组:
1. 极体的例子其他答案有提,我就不做赘述。
2. 充分证据表明参与免疫的分泌抗体的B细胞基因组在分化中经过复杂的重排以保证产生足够多样化的抗体,所以对B细胞的单细胞基因组测序有助于我们了解机体如何调控和产生抗体。类似B细胞的基因组复杂重排也可能发生在其他组织,对其进行单细胞基因组测序有助于遗传发育学研究。
3. 有实验证据表明,一些癌症组织中各个癌细胞由于未知的原因发生了严重的染色体变异而且癌细胞之间变异方式完全不同,所以对癌细胞的单细胞基因组测序有助于我们了解一些癌症发生的机制。
4. 实验证据表明,当机体受到外源DNA入侵如病毒和转座子时,并不是所有细胞基因组同时受到影响,单细胞基因组测序有助于我们了解病毒的入侵机制和转座子的工作方式以及功能。
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正好对单细胞测序(Single-cell sequencing,SCS)有些研究,单细胞测序本身被nature method杂志评为13年的年度技术。
我研究比较多的是SCS在肿瘤当中的应用。其实刚开始接触这个技术的时候我也有些疑惑,因为细胞之间,特别是肿瘤细胞之间有很强的异质性,为每个单细胞测序又如何代表整个肿瘤群体呢。后来才发现真是因为这种异型性,所以才更需要单细胞技术的发展。上一个简图,能够很清楚的看懂原因。
如图左边是正常组织,右边是肿瘤组织。传统的测序,组化,定量PCR等常用技术检测肿瘤与正常组织基因表达差异会得到的结果是A基因明显高表达。而事实上B基因却才是导致肿瘤复发,转移,耐药的主要基因,由于B表型的细胞过少,使得它的表达量被A基因掩盖。单细胞测序正好可以弥补传统技术的这个缺点。
SCS至少从目前看是有很美好的前景的,他可以为真正的个体化治疗提供充足的,关键的遗传、表达信息,从而为治疗方案的制定和靶向药物的选择和开发打下基础。