1.支持的服务器不同
VC9版本是针对IIS服务器的版本，没有对APACHE的支持，而VC6版本对IIS和apache都提供了支持
2.运行方式的不同
PHP有2中运行方式：ISAPI和FastCGI。
ISAPI执行方式是以DLL动态库的形式使用，可以在被用户请求后执行，在处理完一个用户请求后不会马上消失，所以需要进行线程安全检查，这样来提高程序的执行效率，所以如果是以ISAPI来执行PHP，建议选择Thread Safe版本；
而FastCGI执行方式是以单一线程来执行操作，所以不需要进行线程的安全检查，除去线程安全检查的防护反而可以提高执行效率，所以，如果是以FastCGI来执行PHP，建议选择Non Thread Safe版本。
对于apache服务器来说一般选择isapi方式，而对于nginx服务器则选择FastCGI方式。