1. 方差和协方差的定义
在统计学中，方差是用来度量单个随机变量的离散程度，而协方差则一般用来刻画两个随机变量的相似程度，其中，方差的计算公式为
其中，表示样本量，符号
表示观测样本的均值，这个定义在初中阶段就已经开始接触了。
在此基础上，协方差的计算公式被定义为
在公式中，符号 分别表示两个随机变量所对应的观测样本均值，据此，我们发现：方差
可视作随机变量
关于其自身的协方差
.
2. 从方差/协方差到协方差矩阵
根据方差的定义，给定 个随机变量
，则这些随机变量的方差（样本方差）为
其中，为方便书写， 表示随机变量
中的第
个观测样本，
表示样本量，每个随机变量所对应的观测样本数量均为
。
对于这些随机变量，我们还可以根据协方差的定义，求出两两之间的协方差，即
因此，协方差矩阵为
其中，对角线上的元素为各个随机变量的方差，非对角线上的元素为两两随机变量之间的协方差，根据协方差的定义，我们可以认定：矩阵 为对称矩阵(symmetric matrix)，其大小为
3. 多元正态分布与线性变换
假设一个向量服从均值向量为
、协方差矩阵为
的多元正态分布(multi-variate Gaussian distribution)，则
令该分布的均值向量为 ，由于指数项外面的系数
通常作为常数，故可将多元正态分布简化为
再令 ，包含两个随机变量
和
，则协方差矩阵可写成如下形式：
用单位矩阵(identity matrix) 作为协方差矩阵，随机变量
和
的方差均为1，则生成如干个随机数如图1所示。
图1 标准的二元正态分布
在生成的若干个随机数中，每个点的似然为
对图1中的所有点考虑一个线性变换(linear transformation)： ，我们能够得到图2.
图2 经过线性变换的二元正态分布，先将图1的纵坐标压缩0.5倍，再将所有点逆时针旋转30°得到。
在线性变换中，矩阵 被称为变换矩阵(transformation matrix)，为了将图1中的点经过线性变换得到我们想要的图2，其实我们需要构造两个矩阵：
- 尺度矩阵(scaling matrix)：
- 旋转矩阵(rotation matrix)
其中， 为顺时针旋转的度数。
变换矩阵、尺度矩阵和旋转矩阵三者的关系式：
在这个例子中，尺度矩阵为 ，旋转矩阵为
，故变换矩阵为
.
另外，需要考虑的是，经过了线性变换， 的分布是什么样子呢？
将 带入前面给出的似然
，有
由此可以得到，多元正态分布的协方差矩阵为
.
4. 协方差矩阵的特征值分解
回到我们已经学过的线性代数内容，对于任意对称矩阵
其中，的每一列都是相互正交的特征向量，且是单位向量，满足
，
对角线上的元素是从大到小排列的特征值，非对角线上的元素均为0。
当然，这条公式在这里也可以很容易地写成如下形式：
其中， ，因此，通俗地说，任意一个协方差矩阵都可以视为线性变换的结果。
在上面的例子中，特征向量构成的矩阵为
.
特征值构成的矩阵为
.
到这里，我们发现：多元正态分布的概率密度是由协方差矩阵的特征向量控制旋转(rotation)，特征值控制尺度(scale)，除了协方差矩阵，均值向量会控制概率密度的位置，在图1和图2中，均值向量为 ，因此，概率密度的中心位于坐标原点。