1、JNI
Java Native Interface(JNI)标准是java平台的一部分，它允许Java代码和其他语言写的代码进行交互。JNI 是本地编程接口，它使得在 Java 虚拟机(VM) 内部运行的 Java 代码能够与用其它编程语言(如 C、C++ 和汇编语言)编写的应用程序和库进行交互操作。
上面过程分为2个部分：
第一、用C语言生成一个库文件。
第二、在java中调用这个库文件的函数。
JNI是Java调用Native机制，是Java语言自己的特性，类似的还有微软.Net Framework上的p/invoke，可以让C#或Visual Basic.Net调用C/C++的API，所以说JNI和Android没有关系，在PC上开发Java的应用，如果运行在Windows平台使用 JNI是是经常的，比如说读写Windows的注册表。
2、NDK
Native Development Kit(NDK)是一系列工具的集合。
* NDK提供了一系列的工具，帮助开发者快速开发C（或C++）的动态库。
* NDK集成了交叉编译器，并提供了相应的mk文件隔离CPU、平台、ABI等差异，开发人员只需要简单修改mk文件（指出“哪些文件需要编译”、“编译特性要求”等），就可以创建出so。
* NDK可以自动地将so和Java应用一起打包，极大地减轻了开发人员的打包工作。
NDK是Google公司推出的帮助Android开发者通过C/C++本地语言编写应用的开发包，包含了C/C++的头文件、库文件、说明文档和示例 代码，我们可以理解为Windows Platform SDK一样，是纯C/C++编写的，但是Android并不支持纯C/C++编写的应用，同时NDK提供的库和函数功能很有限，仅仅处理些算法效率敏感的问题。
个人理解，NDK就是在Android在简化了JNI这个过程。
3、java中调用.so文件代码
其中，在java中加载库文件的代码如：System.loadLibrary(*.so的档案名);
例如，Android框架里所提供的MediaPlayer.java类，含指令：
public class MediaPlayer{
static {
System.loadLibrary("media_jni");
}
}
参考链接：