使用NIOSIDE在下载程序到FLASH的时候发生如下错误：
Using cable "USB-Blaster [USB-0]", device 1, instance 0x00
Resetting and pausing target processor: FAILED
Leaving target processor paused
在真OO无双的博客
(原創) 如何解決Nios II的『Leaving target processor paused』的錯誤訊息? (IC Design) (Quartus II) (SOPC Builder) (Nios II)
http://www.cnblogs.com/oomusou/archive/2007/12/01/979534.html
对这个问题阐述非常详细
经过仔细检查，排除了引脚分配错误。而且，只是下载到FLASH，而没有用到SDRAM，所以应该和SDRAM没有关系。
在网上搜索的许多资料，折腾了好几天。最终将错误锁定到了CPU核心没有工作。
导致这个错误的原因有两个：一个是没有正确配置CPU 的复位端口；另一个是CPU的时钟没起作用。
于是修改了复位引脚，将原来的复位计数器去掉，直接将复位端加到芯片引脚。之后依然出现错误。
这是可以断定，错误的产生是由于时钟的原因。将PLL的时钟输出引导芯片外部，用电压表测量为0V。在QUARTUS中去掉PLL，直接用外部时钟输入到CPU，目的是为了验证我的推断。结果是可以通过CPU 的响应测试。果然是PLL出了问题。
一开始还以为是芯片的PLL坏了，换了一个别的工程，PLL正常，于是考虑是设计的问题。最初系统设计如图：
经过反复试验后发现，问题就处在PLL的复位端。当不使用PLL复位的时候系统能够正常工作，一旦使用了，就不输出时钟了。原因是当系统的复位结束后，PLL的复位变为了高电平，这正是PLL的复位电平，因此PLL一直处于复位状态。难怪没有CLK输出了。
更改电路，加上了一个反相器。
PLL终于正确工作了。FLASH的程序也能正常下载了，说明CPU工作正常了。如下图：
在此，仅仅是提供一个调试的错误原因思路，此类错误可能是PLL导致的。所以如果PLL真的坏了，那就真的悲剧了。
转自：http://blog.csdn.net/red_knight/article/details/6098857