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  • RoseTTAFold建模测试psipred出现buffer overflow detected错误解决办法

    安装RoseTTAFold完成后,进入example目录测试建模时,报错如下:

    ~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted
                     (core dumped) psipred $ID.mtx $DATADIR/weights.dat $DATADIR/weights.dat2 $DATADIR/weights.dat3 > $ID.ss

    由于psipred运行错误导致预测二级结构出现错误,也不能继续向下执行。

    解决方法如下:

    1. 首先到github下载psipred源码(https://github.com/psipred/psipred):

    1 git clone https://github.com/psipred/psipred
    2 cd psipred

    2. 进入 src 目录后,修改 sspred_avpred.c 文件第 241 行,buff size 由256修改到512

    修改

    1    char            buf[256], *p;

    1    char            buf[512], *p;

    3. 修改完成后,在src目录重新编译产生新的可执行文件:

    1 make

    4. 将新产生的四个可执行文件(psipass2, psipred, seq2mtx, chkparse)覆盖到目录 ~/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin :

    1 cp ~/[dirname]/psipred/src/seq2mtx ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
    2 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipass2 ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
    3 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipred ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
    4 cp ~/[dirname]/psipred/src/chkparse ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin

    再次运行 ../run_pyrosetta_ver.sh input.fa . 

    到此问题应该就解决了。

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