zoukankan      html  css  js  c++  java
  • RoseTTAFold建模测试psipred出现buffer overflow detected错误解决办法

    安装RoseTTAFold完成后,进入example目录测试建模时,报错如下:

    ~/Programs/RoseTTAFold-main/input_prep/make_ss.sh: line 24: 31151 Aborted
                     (core dumped) psipred $ID.mtx $DATADIR/weights.dat $DATADIR/weights.dat2 $DATADIR/weights.dat3 > $ID.ss

    由于psipred运行错误导致预测二级结构出现错误,也不能继续向下执行。

    解决方法如下:

    1. 首先到github下载psipred源码(https://github.com/psipred/psipred):

    1 git clone https://github.com/psipred/psipred
    2 cd psipred

    2. 进入 src 目录后,修改 sspred_avpred.c 文件第 241 行,buff size 由256修改到512

    修改

    1    char            buf[256], *p;

    1    char            buf[512], *p;

    3. 修改完成后,在src目录重新编译产生新的可执行文件:

    1 make

    4. 将新产生的四个可执行文件(psipass2, psipred, seq2mtx, chkparse)覆盖到目录 ~/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin :

    1 cp ~/[dirname]/psipred/src/seq2mtx ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
    2 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipass2 ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
    3 cp ~/[dirname]/psipred/src/psipred ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin
    4 cp ~/[dirname]/psipred/src/chkparse ~/[dirname]/miniconda3/envs/RoseTTAFold/bin

    再次运行 ../run_pyrosetta_ver.sh input.fa . 

    到此问题应该就解决了。

    本文版权归作者和博客园共有,欢迎转载,但未经作者同意必须保留此段声明,且在文章页面明显位置给出原文连接,否则保留追究法律责任的权利。
  • 相关阅读:
    Linux统计文件个数
    python string与list互转
    Python中请使用isinstance()判断变量类型
    xpath提取多个标签下的text
    内存盘
    Watchdog
    渗透测试
    GMT与UTC简介
    ASN.1(抽象语法标记)
    Linux nmap
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/wq242424/p/15037069.html
Copyright © 2011-2022 走看看