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  • 本地blast用法

    格式化数据库:

      makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname   

      参数说明:

      -in:待格式化的序列文件

      -dbtype:数据库类型,prot或nucl

      -out:数据库名

    蛋白序列比对蛋白数据库(blastp):

      blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

      参数说明:

      -query: 输入文件路径及文件名

      -out:输出文件路径及文件名

      -db:格式化了的数据库路径及数据库名

      -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式对应BLAST的m8格式

      -evalue:设置输出结果的e-value值

      -num_descriptions:tabular格式输出结果的条数

      -num_threads:线程数

    核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx):

      (用法与blastp相似)

      blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

      blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/wq242424/p/5089871.html
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