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问题案例
1）服务浏览出现： service unavailable
2）服务浏览出现：HTTP 404 当前页找不到
3）在事件查看器：应用程序中报错：在同一 IIS 进程中不可能运行两个不同的 ASP.NET 版本……
4）服务浏览出现：当前服务不可用
5）【网站】带有红色标记，【网站】停止并无法启动。
6）服务浏览出现：%1不是有效的Win32程序
原因分析
目前大多数的服务器搭建的2003X64的系统+IIS6.0,但是大多数部署在IIS的程序又是32位的。
解决问题
我这里对几个关键点稍作总结。
a) 运行以下脚本，卸载掉IIS的 X64的.Net FrameWork 并重新注册为 x86 的.Net FrameWork，
1 @echo 2 ::切换到64 3 cscript.exe %SYSTEMDRIVE%inetpubadminscriptsadsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 0 4 ::卸载64的2.0 5 cd /d C:WindowsMicrosoft.NETFramework64v2.0.50727 6 aspnet_regiis.exe -u 7 ::卸载64的4.0 8 cd /d C:WindowsMicrosoft.NETFramework64v4.0.30319 9 aspnet_regiis.exe -u 10 ::卸载64的WCF 11 cd /d "C:WindowsMicrosoft.NETFramework64v3.0Windows Communication Foundation" 12 ServiceModelReg.exe -u 13 14 ::切换到32 15 cscript.exe %SYSTEMDRIVE%inetpubadminscriptsadsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 1 16 ::安装32的2.0 17 cd /d C:WindowsMicrosoft.NETFrameworkv2.0.50727 18 aspnet_regiis.exe -i 19 ::安装32的4.0 20 cd /d C:WindowsMicrosoft.NETFrameworkv4.0.30319 21 aspnet_regiis.exe -i 22 ::安装32的WCF 23 cd /d "C:WindowsMicrosoft.NETFrameworkv3.0Windows Communication Foundation" 24 ServiceModelReg.exe -i 25 pause
b）查看IIS中 Web服务扩展 中 被禁止项目，设置为允许
c) 刷新IIS，查看【应用程序池】选项是否存在。如果不存在，在【网站】右键【属性】-【服务】选项卡，如下图
将【以IIS5.0隔离模式运行WWW服务】的选项打钩去掉。
d) 查看各个网站及所属的虚拟目录【属性】--单击“主目录”选项卡，确认您正在指派的目录或虚拟目录的“应用程序名”是否已被填写。如果“应用程序名”框尚未被填写，请单击“创建”，然后输入名称。
e) 查看【事件查看器】-【应用程序】中关于IIS的日志
f) 为某网站或虚拟目录配置.NetFrameWork版本（在没有Asp.Net选项卡的情况下）
#以为默认网站下的A服务配置4.0为例 cd %SYSTEMDRIVE%WindowsMicrosoft.NETFrameworkv4.0.30319 aspnet_regiis.exe -s W3SVC/1/ROOT/A #回车即可。-s 的参数格式可以查看 aspnet_regiis.exe的帮助。【W3SVC/网站序号(可以再IIS中选中[网站]后右侧列表查看)/ROOT/服务名称】【 注意大小写区分。】
其他
网站或虚拟目录属性中没有Asp.Net选项卡
解决：打开CMD,输入以下命令
cscript.exe %SYSTEMDRIVE%inetpubadminscriptsadsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 0
结语：Asp.Net选项卡是出来了，但是你会发现部分服务无法正常浏览了。。。撤回的方法
cscript.exe %SYSTEMDRIVE%inetpubadminscriptsadsutil.vbs SET W3SVC/AppPools/Enable32bitAppOnWin64 1
完成之后，看Web服务扩展，应该会多出一个32位的asp.net将其设置为允许，缺点：这样会使整个IIS上的所有站点都以32位兼容方式运行 。
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事件日志：无法加载站点/服务的所有 ISAPI 筛选器。因此启动中止。 Service Unavailable解决
故障状态：Internet 信息服务(IIS)管理器 里 应用程序池出现错误 “应用程序池 已停止 未指定的错误”
本问题的解决：
可能是安装了某些软件，把相关服务去掉便可
问题：一直正常，安装了一个防盗链系统并卸载，重启机器，出现Service Unavailable 事件查看器有：无法加载站点/服务的所有 ISAPI
筛选器。因此启动中止。应用程序池在iis启动后是已停止状态，但可以手动启动，不过启动后会继续出现错误 “应用程序池 已停止 未指定的错误”，问题依然。
打开iis-->查看“网站”的属性--->ISAPI 筛选器-->把有向下的红箭头的项删除掉-->重启iis-->OK
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IIS 无法向会话状态服务器
在"管理工具"中的"服务"启动"ASP.NET State Service",这种方法我自己试了，能解决问题的。
link：http://www.cnblogs.com/lcl_1015/articles/2038103.html
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参考资料：
win2003 64位系统IIS6.0 32位与64位间切换
Windows Server 2003 x64 IIS配置