如果操作无效，请卸载MySQL Server后换一个位置安装
例如默认的是C:Program FilesMySQL
安装时选Custom修改到D:Program FilesMySQL试试
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具体原因不清楚，但是大家可以照我的做法尝试一下：
1、首先检查控制面板里面的Windows防火墙是否关闭（必须检查一下，这个极有可能）
2、在命令提示符中输入net stop mysql并回车，使mysql服务停止运行
3、进入到MySQLMySQL Server 5.5in目录下，运行MySQLInstanceConfig.exe，然后一直点Next >，别管选项什么的，一直点就是了，然后到密码窗口，应该有三个编辑框，第一个输入原密码（当前的密码），第二个和第三个是新密码（这里就是修改密码的意思），然后继续Next，看看能否Finish
4、重复2、3，但是在这个界面的时候
把那个Enable Strict Mode的勾去掉，然后尝试Next
5、修复MySQL Server或者升级版本。运行安装时用的安装包，然后Next，选择Repair，然后执行第3、步试试。
6、重装MySQL服务。运行命令提示符，切换到MySQL的Bin目录下（就是MySQLMySQL Server 5.5in，如图）
还有个简单的办法：打开MySQLMySQL Server 5.5in文件夹，对着文件夹内空白的地方“鼠标右键”——“新建”——“快捷方式”，在“请键入对象位置”中输入cmd然后单击“下一步”——“完成”，这时文件夹内就有了一个cmd.exe，然后对着它“右键”——“属性”，把“起始位置”的C:Windowssystem32一并删掉，然后确定打开这个cmd.exe就自动跳转到MySQL Server的bin目录了，接着依次输入以下命令：
sc delete mysql
删除MySQL服务
mysqld --install
安装MySQL服务
net start mysql
启动MySQL服务
mysql -u root -p
进入MySQL，提示输入密码，密码正确并且成功进入后会提示：Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or g.
如果能成功进入也就说明没问题了，也无需担心Apply Security Settings这个了
注：如果成功安装，就是过了Apply Security Settings这个选项，而你不愿意平时关掉防火墙的，打开控制面板，打开Windows防火墙，点左边的“允许程序或功能通过 Windows防火墙”，然后点下面的“允许运行另一程序”，接着点“浏览”，进入到MySQLMySQL Server 5.5in目录（我的版本是5.5，如果你的是5.0这里就是5.0，反正是一样的），找到mysqld.exe并单击右下角的“打开”（5.5版是mysqld.exe，5.0的版本叫mysqld-nt.exe），然后点“网络位置类型”，在弹出的窗口中，全部打钩确定，然后“添加”确定即可。
（如果你开着防火墙，MySQL服务虽然能启动成功，但是用Navicat for MySQL这类SQL管理软件是无法连接到数据库的，当然如果你习惯关着防火墙可以无视。）
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作者：至天
来源：CSDN
原文：https://blog.csdn.net/maxsky/article/details/6719402
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