首先，简单介绍Maven。Maven是管理Java项目开发的工具，不是IDE，不是编译工具。它只是提供了一套规则和插件，说明如何对Java项目进行开发和管理。
它的规则通过POM文件说明。对于POM文件，这里不详细介绍，只做大致介绍。我认为，POM文件大致有两个作用，静态描述和动态描述。第一个作用，静态描述，即对POM文件所在的文件夹的（子）项目的介绍，比如该（子）项目的唯一标识（坐标），该子项目的依赖，该子项目的打包方式等；第二个作用，动态描述，即如何对该（子）项目进行编译、测试、打包等，用生命周期表示。Maven提供三个生命周期以及各个生命周期阶段所需的插件，可以不改直接用，也可以根据自己的需要修改。编译、测试、打包等不是Maven实现，而是它的仓库中提供的插件。仓库是用来存放插件和依赖的地方。仓库有本地、远程仓库。远程仓库又分为：2中央仓库、 私服 和其它公共库。这里不做详细介绍。
这里的任务是如何将第三包依赖包加入到最终的jar可执行文件中。
对于第三方依赖（external dependency) ，有四种方式可以使用。第一种方式，在本地仓库中添加该依赖；第二种方式：将该仓库deploy，放在远程仓库，最好大家都能访问；第三种方式：将该依赖的scope描述为system并说明绝对路径；第四种方式：将该依赖放在程序的自建仓库（static project repository），并在打包的时候将其将入到最终的jar。
本文主要是说明第四种方法，也比较推荐第四种方法。因为前三种方法，要么不利于最终jar文件的分发，要么比较麻烦。第四种方法，在运行的时候不需要修改或者添加java lib path。
很多时候，当某个项目需要的依赖是第三方提供的，我这类遇到的是Jcuda。由于当时在远程仓库还没有Jcuda 7.5 的依赖，就需要将其作为第三方依赖来处理。在编译的时候使用的是第三种方法，但是因为需要再另一台机器上运行，就出现问题了。网上找了很久，有两个说的很好。
http://blog.dub.podval.org/2010/01/maven-in-project-repository.html
http://stackoverflow.com/questions/364114/can-i-add-jars-to-maven-2-build-classpath-without-installing-them
这两个链接说明了，如何将该依赖包放在程序的lib中，该文件夹如何组织才不会出错，路径如何。
至于如何将该依赖的jar文件打包到最终的文件中。
第一步： 将依赖文件放到程序的repository中；
第二步：在pom.xml中指明依赖；
<dependency>
<groupId>jcuda</groupId>
<artifactId>jcuda</artifactId>
<version>0.7.5</version>
</dependency>
第三步：打包
首先需要明白，maven打包有两种，生成一个jar包或者生成一个zip包。用maven-jar-plugin来生成jar包。使用maven-jar-plugin和maven-assembly-plugin来生成zip包。
这里，我们第二种方式。即：将应用打成一个jar包，依赖的第三方包放到lib目录下。
首先使用maven-jar-plugin，将自己的代码编译为jar文件；
需要注意到是这段
<archive>
<manifest>
...
<addClasspath>true</addClasspath>
<classpathPrefix>lib/</classpathPrefix>
...
</manifest>
</archive>
再使用maven-assembly-plugin，将整个项目打包为一个发布包
关于 maven-jar-plugin 和 maven-assembly-plugin 怎么写，见 http://blog.csdn.net/cdmamata/article/details/51547033
也可以见：强烈推荐这个：
http://xxgblog.com/2015/08/07/maven-create-executable-jar/
其实，一团迷糊，说明对每个插件还不是很了解。如果对每个插件了解后，就不会有怎么多问题了。因为我只是在一个项目中多增减一个第三方依赖，因为它本来就需要对其他第三方依赖进行打包，所以我只需要完成前两步就可以了。后面两步，关键是对于几个插件的使用说明。