基本工作原理给定要聚类的N的对象以及N*N的距离矩阵(或者是相似性矩阵), 层次式聚类方法的基本步骤(参看S.C. Johnson in 1967)如下:1. 将每个对象归为一类, 共得到N类, 每类仅包含一个对象. 类与类之间的距离就是它们所包含的对象之间的距离.
2. 找到最接近的两个类并合并成一类, 于是总的类数少了一个. 3. 重新计算新的类与所有旧类之间的距离. 4. 重复第2步和第3步, 直到最后合并成一个类为止(此类包含了N个对象).