警告， 这篇文章是老的配置方式， 随着goolge工具的完善，有了更高级的配置方式，参考文章：
1.http://jingyan.baidu.com/article/3ea51489e7a9bd52e61bbac7.html
2. 配置好环境后， 想进行debug调试：http://www.cnblogs.com/hmxp8/p/3971549.html
优化：
1. 目录里千万不能含有空格，否则就是“No symbol table is loaded. Use the "file" command”，一头雾水，哪里出错都不知道;
2. 在Java代码里System.loadLibrary加上断点，可以很好地避免断点无法挂上的情况（按理论上这不会起作用的，Java/GDB 两个Debugger只能启其一），由于NDK中的断点环境启动较慢， 所有在System.loadLibrary上加入断点，等待NDK准备好;
原文已经不在推荐，使用上面的方法更好：
1 建立工程
运行Eclipse，新建一个android project，取名hello-jni（或者你喜欢的其他比如fxxk-jni也行）。
工程代码就从你的NDK/samples/hello-jni拷贝一份即可，记得拷贝jni那个目录，最终的目录结构如图。
Libs目录一会会自动创建，现在木有也没关系。
如果你现在运行这个工程，就会在android控制台看到如下错误：
java.lang.UnsatisfiedLinkError: Library hello-jni not found
因为你还没有造出那个libhello-jni.so出来。
2. 配置工程属性
打开hello-jni工程属性，选择builder，选择program，点OK
配置如下，名字随便取一个，location和working directory要和你的cygwin目录一致，arguments要和你的工程目录一致。
我的arguments是：--login -c "cd /cygdrive/e/workspace/hello-jni && $ANDROID_NDK_ROOT/ndk-build"
上面的图片应该看得清吧，然后勾选其他配置如下
注意在勾选Specify working set of relevant resources时指定资源选择你的工程的jni目录即可。
当以上步骤都正确配置无误，保存配置后应该就会自动编译jni目录下的C相关代码并输出相应的.so库文件到工程的libs目录下，libs目录会自动创建。
编译时控制台输出类似如下：
再运行工程，结果正确。
以后修改了C代码，保存后也会自动触发编译，省时省力。