密度聚类

密度聚类

密度聚类方法的指导思想是，只要一个区域中的点的密度大于某个阈值，就把它加到与之相近的聚类中去。这类算法优点在于可发现任意形状的聚类，且对噪声数据不敏感。但计算密度单元的计算复杂度大，需要建立空间索引来降低计算量。

这个方法的指导思想就是，只要一个区域中的点的密度大过某个阈值，就把它加到与之相近的聚类中去。

一.DBSCAN算法:

它将簇定义为a密度相连的点的最大集合，所有的点被分为核心点，(密度)可达点及局外点.

核心点:

如果一个点 p 在距离 ε 范围内有至少 minPts 个点(包括自己)，则这个点被称为核心点，那些 ε 范围内的则被称为由 p 直接可达的，根据此定义，没有任何点是由非核心点直接可达的。

(密度)可达点:

如果存在一条道路 p1, ..., pn ，有 p1 = p和pn = q， 且每个 pi+1 都是由 pi 直接可达的(道路上除了 q 以外所有点都一定是核心点)，则称 q 是由 p 可达的。

局外点:

所有不由任何点可达的点都被称为局外点。

如果 p 是核心点，则它与所有由它可达的点(包括核心点和非核心点)形成一个聚类，每个聚类拥有最少一个核心点，非核心点也可以是聚类的一部分，但它是在聚类的“边缘”位置，因为它不能达至更多的点。

在上图中，minPts = 4，点 A 和其他红色点是核心点，因为它们的 ε-邻域（图中红色圆圈）里包含最少 4 个点（包括自己），由于它们之间相互相可达，它们形成了一个聚类。点 B 和点 C 不是核心点，但它们可由 A 经其他核心点可达，所以也属于同一个聚类。点 N 是局外点，它既不是核心点，又不由其他点可达。

算法:

需要两个参数：ε (eps) 和形成高密度区域所需要的最少点数 (minPts)

它由一个任意未被访问的点开始，然后探索这个点的 ε-邻域，如果 ε-邻域里有足够的点，则建立一个新的聚类，否则这个点被标签为杂音。注意这个点之后可能被发现在其它点的 ε-邻域里，而该 ε-邻域可能有足够的点，届时这个点会被加入该聚类中。

伪代码:

DBSCAN(D, eps, MinPts) {
   C = 0
   for each point P in dataset D {
      if P is visited
         continue next point
      mark P as visited
      NeighborPts = regionQuery(P, eps)
      if sizeof(NeighborPts) < MinPts
         mark P as NOISE
      else {
         C = next cluster
         expandCluster(P, NeighborPts, C, eps, MinPts)
      }
   }
}

expandCluster(P, NeighborPts, C, eps, MinPts) {
   add P to cluster C
   for each point P' in NeighborPts { 
      if P' is not visited {
         mark P' as visited
         NeighborPts' = regionQuery(P', eps)
         if sizeof(NeighborPts') >= MinPts
            NeighborPts = NeighborPts joined with NeighborPts'
      }
      if P' is not yet member of any cluster
         add P' to cluster C
   }
}

regionQuery(P, eps)
   return all points within P's eps-neighborhood (including P)

 

 

 

sklearn中调用dbscan:

# -*- coding: utf-8 -*-
import numpy as np

from sklearn.cluster import DBSCAN
from sklearn import metrics
from sklearn.datasets.samples_generator import make_blobs
from sklearn.preprocessing import StandardScaler


##############################################################################
# Generate sample data
centers = [[1, 1], [-1, -1], [1, -1]]
X, labels_true = make_blobs(n_samples=750, centers=centers, cluster_std=0.4,
                            random_state=0)

X = StandardScaler().fit_transform(X)

##############################################################################
# Compute DBSCAN
db = DBSCAN(eps=0.3, min_samples=10).fit(X)
core_samples_mask = np.zeros_like(db.labels_, dtype=bool)
core_samples_mask[db.core_sample_indices_] = True
labels = db.labels_

# Number of clusters in labels, ignoring noise if present.
n_clusters_ = len(set(labels)) - (1 if -1 in labels else 0)

print('Estimated number of clusters: %d' % n_clusters_)
print("Homogeneity: %0.3f" % metrics.homogeneity_score(labels_true, labels))
print("Completeness: %0.3f" % metrics.completeness_score(labels_true, labels))
print("V-measure: %0.3f" % metrics.v_measure_score(labels_true, labels))
print("Adjusted Rand Index: %0.3f"
      % metrics.adjusted_rand_score(labels_true, labels))
print("Adjusted Mutual Information: %0.3f"
      % metrics.adjusted_mutual_info_score(labels_true, labels))
print("Silhouette Coefficient: %0.3f"
      % metrics.silhouette_score(X, labels))

##############################################################################
# Plot result
import matplotlib.pyplot as plt

# Black removed and is used for noise instead.
unique_labels = set(labels)
colors = plt.cm.Spectral(np.linspace(0, 1, len(unique_labels)))
for k, col in zip(unique_labels, colors):
    if k == -1:
        # Black used for noise.
        col = 'k'

    class_member_mask = (labels == k)

    xy = X[class_member_mask & core_samples_mask]
    plt.plot(xy[:, 0], xy[:, 1], 'o', markerfacecolor=col,
             markeredgecolor='k', markersize=14)

    xy = X[class_member_mask & ~core_samples_mask]
    plt.plot(xy[:, 0], xy[:, 1], 'o', markerfacecolor=col,
             markeredgecolor='k', markersize=6)

plt.title('Estimated number of clusters: %d' % n_clusters_)
plt.show()

 

 

二.密度最大值算法:

密度最大值聚类是一种简洁优美的聚类算法, 可以识别各种形状的类簇, 并且参数很容易确定。

该聚类算法可以得到非球形的聚类结果，可以很好地描述数据分布，同时在算法复杂度上也比一般的K-means算法的复杂度低。

同时此算法的只考虑点与点之间的距离，因此不需要将点映射到一个向量空间中。

1.局部密度ρi:

2.高局部密度点距离δi:

在密度高于对象i的所有对象中，到对象i最近的距离，即高局部密度点距离

3.簇中心:

那些有着比较大的局部密度ρi和很大的高密距离δi的点被认为是簇的中心

4.异常点

高密距离δi较大但局部密度ρi较小的点

聚类过程:

左图是所有点在二维空间的分布, 右图是以ρ为横坐标, 以δ为纵坐标绘制的决策图。可以看到，1和10两个点的ρi和δi都比较大，作为簇的中心点。26、27、28三个点的δi也比较大，但是ρi较小，所以是异常点。