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  • bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

       今天运行tophat2的时候看到下面这条记录:

    [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file
            Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa
    [2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index
      Executing: /home/pub/software/bowtie2/bowtie2-inspect /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa > /home/xudl/mrna/15B1230A/data_analysis/map/tophat2/CASE2/tmp/hg19.fa.fa
    

    tophat2 在指定的bowtie2的索引目录下没有找到对应的名称为bowtie2_index.fa 的参考基因组文件,第一步首先根据

    bowtie2索引构建参考基因组的fasta序列,用到bowtie2中的 bowtie2-inspect 程序

    该程序的用法如下:

    bowtie2-inspect bowtie2-inedx > ref.fa

    之前一直用bowtie2做比对,没想到还有这么一个功能。

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5234330.html
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