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  • Fastqc 碱基质量分布图

    横坐标代表每个每个碱基的位置,反映了读长信息,比如测序的读长为150bp,横坐标就是1到150;

    纵坐标代表碱基质量值,

    图中的箱线图代表在每个位置上所有碱基的质量值分布,

    中间的红线代表的是中位数

    用黄色填充的区域的上下两端分别代表上四分位数和下四分位数;

    箱线图最上方的短线代表90%,最下方的短线代表10%

    蓝色的线代表平均值

    背景色从上到在下依次为green, orange, red; 分别代表very good, reasonable, poor;将碱基质量分成3个不同的标准

    当有一个位置的10%四分位数小于10或者中位数小于25时会给出警告;

    当有一个位置的10%四分位数小于5或者中位数小于20时会提示失败;

    如下图所示:

     从上面图中我们可以看出读长为75bp;前15bp左右测序质量非常好;

    随着测序的进行,由于试剂的消耗等原因,测序质量开始逐渐降低,最后的60-75bp质量就非常的差;

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5357984.html
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