tRNAscan-SE 软件可以根据输入的基因组序列，预测对应的tRNA的基因
在线的tRNAscan-SE的链接如下：http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/
如下图所示，只需要输入fasta 格式的序列，选择对应的物种类型和其他的一些选项，点击运行按钮即可
结果界面如下：
首先是预测的tRNA基因
表头解释如下：
Sequence Name : 输入的用于预测tRNA的序列名称
tRNA # : 预测到的tRNA的个数
Predicted tRNA Structure : 预测到的tRNA二级结构
Similar tRNA in GtRNAdb ： 在GtRNAdb 数据库中的相似的tRNA
tRNA Begin : tRNA基因的起始位置
tRNA End : tRNA 基因的终止位置
tRNA Type : tRNA 的类型，该tRNA转运的氨基酸的类型
Anticodon : 反义密码子
Intro Begin : 内含子的起始位置
Intro End : 内含子的终止位置
Infernal Score :
Pseudo:
Isotype Model :
Isotype Score :
tRNA 类型：
tRNAscan-SE 会根据反义密码子和 Isotype Model 两种方法预测tRNA的类型，对于每个tRNA, 分别给出反义密码子和 Isotype Model 预测的结果，以及两种结果预测的一致性，其中isotype model 会对每一种氨基酸进行打分，选得分最高的作为最终的结果
tRNA 二级结构预测的结果：
Str 代表的就是二级结构，其中每个< 和每个 > 是配对的，代表在二级结构中这连个碱基是连在一起的
最后是对应的tRNAscan-SE的命令行程序：
