背景：
mitoMaker是一款线粒体/叶绿体组装的pipeline软件，可以从原始的下机数据开始，自动化的组装基因组，注释基因结构，最终生成genebank, fasta 等文件。 整个pipeline 可以分成6个主要步骤：
1）基于不同大小的kmer 值进行denovo 组装
2）查找对应的结构基因，并检测第一步组装的结果是否环化；
3） 从所有的组装结果中，挑选一个最佳的组装结果；
4）将最佳的组装结果作为参照，调用Mira 和 MITObim, 延长组装结果，并进行gap close;进一步提升组装结果的质量
5) 基于第四步的组装结果，进行基因结构注释；
6）创建最终的结果目录，包含所有的结果（PNG, GENBANK, FASTA, SEQUIN, CAF, MAF and a stats logfile)
源代码：
https://sourceforge.net/projects/mitomaker/
安装：
wget https://sourceforge.net/projects/mitomaker/files/mitoMaker_1.14.tar.gz tar xzvf mitoMaker_1.14.tar.gz cd mitoMaker python mitoMaker.py --help
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