【转】Linux安装HDF5及遇到的问题总结

ubuntu版本：16.04.2 64位

从HDF官网（https://support.hdfgroup.org/HDF5/）上下载hdf5-1.8.17.tar.gz

简要安装步骤如下：（详细步骤：hdf5-1.8.17/release_docs/INSTALL）

$ gunzip < hdf5-X.Y.Z.tar.gz | tar xf - #解压缩

$ cd hdf5-X.Y.Z

$ ./configure --prefix=/usr/local/hdf5 #安装路径

$ make

$ make check # run test suite.

$ make install

$ make check-install # verify installation.

注：X.Y.Z是HDF版本

安装成功后，在安装目录/usr/local下出现hdf5文件夹，打开后

在/share/hdf5_examples/下是示例程序。打开c文件夹，下面我们来测试。该文件夹下有个名为run-c-ex.sh文件，执行该文件可以将c目录下所有.c文件执行。

运行命令：$ sudo ./run-c-ex.sh

即可得到所有文件的执行结果。

打开run-c-ex.sh文件可查看该文件内容如下

下面我们来讲怎么执行单个.c文件，以/usr/local/hdf5/share/hdf5_examples/c目录下h5_extend.c为例

执行 $ sudo h5cc -o h5_extend h5_extend.c

可是却报出错误：h5cc:command not found

我们在命令行输入h5cc，可以看到

提示我们h5cc没有安装，按照指示，我们输入sudo apt install hdf5-helpers

接下来再执行，却报出hdf5.h: No such file or directory的错误

只要安装libhdf5-serial-dev就可以了。

执行命令：$ sudo apt-get install libhdf5-serial-dev

再次执行 $ sudo h5cc -o h5_extend h5_extend.c

没有问题，执行：$ ./h5_extend

在/share/hdf5_examples/c目录下除了生成h5_extend和h5_extend.o两个文件，还有extend.h5文件。

下面介绍一个可视化工具HDFView，它可以用来查看和编辑HDF文件。（https://support.hdfgroup.org/products/Java/hdfview/）

下载HDFView，即可查看我们刚刚得到的extend.h5