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  • isPCR安装

    isPCR是用一对PCR引物搜索序列数据库。它使用索引策略来快速完成此操作。当搜索成功时,输出是fasta格式序列文件,其包含数据库中位于引物对之间的所有区域。

    Linux系统下安装

    1. 使用二进制文件

      isPCR提供linux二进制执行文件,执行时报错缺少"lib.so.6"库文件。

    yum install lib.so.6 -y
    

       安装openssl后依然报其他错误。

    2. 使用源码

      isPCR也提供源码文件,编译前需要安装gcc编译器、wget文件获取和unzip解压工具

    # 安装工具
    yum install wget gcc unzip -y
    # 获取源码
    wget https://hgwdev.gi.ucsc.edu/~kent/src/isPcr.zip
    # 解压
    unzip isPcr.zip
    

      按README文件步骤进行安装

    1. 查看MACHTYPE变量是否存在
    echo $MACHTYPE
    2. MACHTYPE不存在,赋值
    export MACHTYPE=x86_64
    3. 创建文件夹
    mkdir -p ~/bin/$MACHTYPE
    mkdir -p lib/$MACHTYPE
    4. 编译
    make
    

       最后还是报“*** No rule to make target `../../lib//jkweb.a', needed by `gfPcr'. Stop.”错误。

    make[2]: *** No rule to make target `../../lib//jkweb.a', needed by `gfPcr'.  Stop.
    make[2]: Leaving directory `/home/hgwdev.gi.ucsc.edu/isPcrSrc/isPcr/gfPcr'
    make[1]: *** [all] Error 2
    make[1]: Leaving directory `/home/hgwdev.gi.ucsc.edu/isPcrSrc/isPcr'
    make: *** [all] Error 2
    

       网上查找资料后,发现是make步骤错误,按如下方式输入编译代码,成功

    # 切换到解压目录isPcr
    cd isPcrSrc
    
    MACHTYPE=x86_64
    mkdir -p ~/bin/$MACHTYPE
    mkdir -p lib/$MACHTYPE
    export PATH=$PATH:~/bin/$MACHTYPE
    make MACHTYPE=$MACHTYPE
    



    [参考资料]

    https://www.biostars.org/p/68279/

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9553481.html
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