3D Slicer FAQ-1

1.Core Feature 应该采用C++还是Python进行开发？

这并没有统一的答案，因为Slicer应用各种语言和技术进行开发。

• MRML和大多数逻辑操作符是采用c++开发的，如VTK子类
• 应用和大多数的界面是采用C++开发的，如QWidget子类
• 很多和C++捆绑在一起的重要模块，如LabelStatistics/ExtensionWizard，采用Python脚本开发；另外一些，如Editor、DICOM、DataProbe，是采用C++和Python混合开发的
• 其他的一些核心特征，如Charts、SceneViews、ExtensionManager等，依赖于JavaScript和网络技术进行开发

2.组建 Building

2.1 Slicer building tree 是如何组织的？

Slicer building tree 有两个层次：

• ~/Projects/Slicer-SuperBuild：管理所有的依赖模块，如VTK，ITK，Python...
• ~/Projects/Slicer-SuperBuild/Slicer-build：组建目录

Slicer的目录结构请参看：https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Developers/DirectoryStructure

该目录结构包括Slicer本体（Building tree；Install tree）、拓展安装与组建树、API

2.2 什么是Clean Building？

将Slicer目录作为顶层文件；例如：

C:/Projects/Slicer-SuperBuilding

2.3 如果VS编译器崩溃了怎么办？

如果VS编译器崩溃了，并报错 "Microsoft C/C++ Compiler Driver has stopped working", 最有可能的原因是路径名字太长了。因此在组建Slicer工程时，强烈建议将其放在最顶层，如2.2.

2.4 Qt4>=4.85需要Ubuntu12.04以上的版本？

https://issues.slicer.org/view.php?id=3325

2.5 为什么分布式的CMake必能不用在Ubuntu12.04以上的版本？

http://slicer-devel-archive.65872.n3.nabble.com/PYTHON-INCLUDE-DIR2-when-building-Slicer4-td4028557.html

https://issues.slicer.org/view.php?id=3103

https://issues.slicer.org/view.php?id=3116#c8649

http://public.kitware.com/Bug/view.php?id=14156

2.6 Windows上配置、组建Slicer？

https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Developers/Build_Instructions#Windows

 

3.Python Scripting

3.1 如何从Python脚本访问一个Python脚本化模块？

所有的Slicer模块都在slicer.modules命名空间下，例如，如果我想访问sampledata模块可以采用如下方式：

slicer.modules.sampledata.

如果想访问模块的窗口小部件，使用widgetRepresentations()获得C++基础类 & 使用self()获得Python类。例如，slicer.modules.sampledata.widgetRepresentation().self()返回该模块下的一个PythonWidget对象。

3.2 如何利用Python保存一幅图像/体数据？

slicer.util模块提供了保存一个节点saveNote或者整个场景saveScene的方法：

更多细节可以参考如下两篇材料：

https://github.com/Slicer/Slicer/blob/master/Base/Python/slicer/util.py#L229-267

https://github.com/Slicer/Slicer/blob/master/Base/Python/slicer/tests/test_slicer_util_save.py

3.3 在保存体数据时，如何实现压缩和禁止压缩？

在Slicer Python Modules中，使用VTKMRMLVolumeNode可以操作体数据。‘压缩’等偏好会被传递到slicer.util.saveNode函数。这个属性将会被传递到Slicer保存的Node里面。压缩示例如下所示：

• properties['useCompression'] = 0; #不采用压缩
• file-path = os.path.join(cast_dir,file_name)
• slicer.util.saveNode(node,file_path,properties)

3.4 如何向Slicer的一个场景视图中分配一个体数据Volume？

以MRHead体数据为例，操作如下：

• red_logic = slicer.app.layoutManager().slicerWidget("Red").slicerLogic()
• red_cn = red_logic.GetSlicerCompositeNode()
• red_logic.GetSliceCompositeNode().SetBackgroundVolumeID(slicer.util.getNode('MRHead').GetID)

可以参考如下资料：

http://slicer-devel-archive.65872.n3.nabble.com/Assign-volumes-to-views-tt4028694.html

3.5 如何在3DSlicer的视图中访问VTKRender？

renderer = slicer.app.layoutManager().threeDWidget(0).threeDView().renderWindow().

GetRenderers().GetFirstRenderer()

3.6 如何获得VTK rendering的后端？

backend = slicer.app.layoutManager().threeDWidget(0).threeDView(). renderWindow().

GetRenderingBackend()

3.7 如何在场景中使三维视图居中？

• ayoutManager = slicer.app.layoutManager()
• threeDWidget = layoutManager.threeDWidget(0)
• threeDView = threeDWidget.threeDView()
• threeDView.resetFocalPoint()

3.8 如何隐藏一个变换？

• n = getNode('Bone')
• logic = slicer.vtkSlicerTransformLogic()
• logic.hardenTransform(n)

参看资料详见：

http://slicer-devel-archive.65872.n3.nabble.com/Scripting-hardened-transforms-tt4029456.html

3.9 我在哪里可以找到一个示例的脚本？

所有的脚本文档都在如下：

https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/ScriptRepository

3.10 我如何使用一个可视化的调试器进行单步调试？

在Windows系统，PTVS（Python Tool for Visual Studio，https://github.com/Microsoft/PTVS ）支持在VS环境下调试Python代码。至于具体的调试细节以及调试方法，可以参看如下：

https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Developers/Tutorials/Debugging_Python_in_Visual_Studio