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  • 3D Slicer Command Line Interface(CLI)

    1.ExtensionWizard创建初始框架

    1.1 ExtensionWizard综述

    ExtensionWizard是一个工具的集合,既可以利用Slicer中的图像用户接口(GUI)访问,也可以在一个独立的Python控制台使用命令行接口(CLI)访问。
    Slicer Module通常包含几个不同种类的文件,例如CMakeList.txt、源文件、资源文件。很多情况下,文件名以及文件中的文本字符串的名字都是相关的,需要同步以便编译。
    一个Extension把一个或多个Module封装成包,这个包可以通过Slicer下载。
    ExtensionWizard就是一个工具,它可以简化创建Extension的流程。

    1.2使用图形用户接口GUI访问ExtensionWizard

    为了使用ExtensionWizard,我们只需要安装最近的Slicer版本,开启,然后选择“Extension Wizard”模块。
    Extension提供了一个“模板机制”简化了创建Extension的流程。这个流程可以自动为我们创建文件,并且提供合适的文件名的代码,这样我们就能立刻上手:
    • 点击“Create Extension”;
    • 确定拓展文件名,并确定一个空的目录作为目标文件夹,点击OK;
    • 点击“Add module to Extension”;
    • 确定名称和模块类型。大多数第一次开发人员应该选择“Scripted”作为模块类型。因为只有Python脚本模块很容易创建并且不需要使用一个自己组建好的Slicer。点击“OK”;
    • 选中我们自己的模块,然后下载。选择“Add selected module to search path”自动下载;
    • 通过“Module List”打开我们新创建的模块。如果我们启用了开发者模式,修改之后并不需要重启Slicer,直接重新加载就好了。

    1.3 使用命令行接口CLI访问ExtensionWizard(高级用户)

    Extension提供了一个“模板机制”简化了创建Extension的流程。这个流程可以自动为我们创建带有合适名字的文件,我们只需要在模板内进行一些关键的内容替换就可以了。
    先介绍几个术语:
    • 模板template:包含用于创建新实体(Extension、Module)的文件目录;
    • templatKey:在模块文件名和标识符中使用的文本字符串;
    • 目的地destination:放置新代码的目录;
    • 名字name:创建新实体(Extension、Module)的名字。代码将会被放在这个名字的子目录中,同时这个名字将会取代templateKey。
    实例分析:
     1 # List available templates
     2 slicerExtensionWizard --listTemplates
     3  
     4 # Create an extension with two modules; one written in C++, and one in Python
     5 slicerExtensionWizard --create MyExtension ~/code/
     6 cd ~/code/MyExtension
     7 slicerExtensionWizard --addModule loadable:MyCppModule
     8 slicerExtensionWizard --addModule scripted:MyPythonModule
     9  
    10 # Create a superbuild extension with a CLI module
    11 slicerExtensionWizard --create superbuild:MyCLIExtension ~/code/
    12 slicerExtensionWizard --addModule cli:MyCLI ~/code/MyCLIExtension
    这个拓展尝试更新Extension的CMakeLists.txt,包含新的模块。
    这个常备的模板包括一个占位符,这个占位符指明了新的'add_subdirectory'应该插在哪里(如果这个占位符不存在,向导尝试在最近存在的‘add_subdirectory’后面添加一个新的‘add_subdirectory’)。
    注意:目的地目录destination direction(extension)是可选的,默认情况下是当前目录。在上面的例子中,我们使用cd转到一个新创建的extension目录
    Slicer中提供的常备用的模板(Extension、Module)详细参考如下网址:
    https://github.com/Slicer/Slicer/tree/master/Utilities/Templates

    1.4 三个模块的区别

    • CLI:提供自定义命令行接口的模块;
    • Loadable:Slicer中提供新功能的C++模块;
    • Scripted:Slicer中提供新功能的Python模块;

    1.5 使用自定义的模板

    默认情况下,ExtensionWizard使用Slicer提供的模板。当然,我们也可以通过参数'--templatePath'添加自己的模板:
    1 # Add custom templates; expects to find subdirectories under the path matching
    2 # a template type, e.g. 'modules'
    3 slicerExtensionWizard --templatePath ~/code/Templates
    4  
    5 # Add custom module templates
    6 slicerExtensionWizard --templatePath modules=~/code/Templates

    1.6 使用Extensions

    • 组建building
    如果我们的程序并不是使用“Pure Python”编写的,为了使用Extension功能我们必须先编译。
    下面的方法在大多数情况下都是有用的:
    1 Slicer_DIR=/path/to/slicer/superbuild
    2 cd ~/code/MyExtension
    3 mkdir ../MyExtension-build
    4 cd ../MyExtension-build
    5  
    6 # You may also want to pass '-G "<generator>"' here (required on Windows)
    7 cmake -DSlicer_DIR:PATH=${Slicer_DIR} ../MyExtension
    8 cmake --build . --config Release  # Or --config Debug
    更多的细节,我们可以参考FAQ中的问题:How to build an extension?
    https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Developers/FAQ#How_to_build_an_extension_.3F
    • 安装installing
    我们不需要安装extension,但是我们需要告诉Slicer去哪里找到这个extension。
    After building your extension (if needed; you can skip this for pure-Python extensions), open Slicer's Application Settings dialog, select "Modules" from the list, and add additional module paths to point to the full path to your extension. For example:
    • ~/code/MyExtension/build/lib/Slicer-<version>/qt-loadable-modules
    • ~/code/MyExtension/build/lib/Slicer-<version>/qt-scripted-modules
    • ~/code/MyExtension/MyPythonModule

    2.在Slicer源代码树外Building模块

    Slicer支持的不同类型的模块Modules很容易在源代码树外进行编译。
    注意:在build C++模块之前,我们应该确保在本机上已经利用源码Build了 Slicer。
    下面的例子是为Unix系列平台设计的的,但是同样适应Windows:
    假设:新编写的module源代码在文件夹‘MyModule’中,外部编译可以通过下面代码实现:
    1 $ mkdir MyModule-build
    2 $ cd MyModule-build
    3 $ cmake -DSlicer_DIR:PATH=/path/to/Slicer-Superbuild/Slicer-build ../MyModule
    4 $ make
    为了使上面代码有效,我们除了需要在最顶层文件“CMakeLists.txt”文件中添加“ cmake_minimum_required”,也要确保在设置模块名字“MODULE_NAME”之后,添加如下代码:
    1 find_package(Slicer REQUIRED)
    2 include(${Slicer_USE_FILE})
    =================================================================================
    最全面的代码示例如下所示:
     1 cmake_minimum_required(VERSION 2.8.9)  <- - - - ADD THIS
     2  
     3 find_package(Slicer COMPONENTS ConfigurePrerequisites)  <- - - - ADD THIS
     4 project(EmptyExtensionTemplate) <- - - - ADD THIS
     5  
     6 #-----------------------------------------------------------------------------
     7 set(MODULE_NAME ${PROJECT_NAME})
     8 set(MODULE_TITLE ${MODULE_NAME})
     9  
    10 string(TOUPPER ${MODULE_NAME} MODULE_NAME_UPPER)
    11  
    12 #-----------------------------------------------------------------------------
    13 find_package(Slicer REQUIRED)  <- - - - - - - ADD THIS
    14 include(${Slicer_USE_FILE})  <- - - - - - - - ADD THIS
    15  
    16 #-----------------------------------------------------------------------------
    17 add_subdirectory(Logic)
    18  
    19 #-----------------------------------------------------------------------------
    20 set(MODULE_EXPORT_DIRECTIVE "Q_SLICER_QTMODULES_${MODULE_NAME_UPPER}_EXPORT")
    21  
    22 [...]
    成功编译了Slicer模块之后,Slicer的模块可执行程序和库就位于我们的模块组建目录中build_dir/lib/Slicer-X.Y/module_type。
    然后我们需要把这个目录添加到Application Setting GUI的Addition module路径中,这样就可以便面重新编译Super-build可以直接测试了。
    更详细的“目录结构”可以参考如下:
    https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Developers/DirectoryStructure
    ==============================================================================
    关于此部分容易犯错误的地方进行总结:

    2.1 在Slicer build-tree中,哪里是Slicer 模块?

    Slicer模块的可执行程序和库位于Slicer组建目录中“Slicer-Superbuild/Slicer-build”中。

    2.2 如何修订外部模块的本地版本?

    https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Developers/Build_Module

    2.3 如何从C++ 可加载模块中调用CLI模块?

    Calling CLI module from a C++ loadable module:
    http://slicer-devel-archive.65872.n3.nabble.com/Calling-CLI-module-from-a-C-loadable-module-tt4031930.html
    Example: vtkSlicerCropVolumeLogic.cxx#L318-351:
    https://github.com/Slicer/Slicer/blob/master/Modules/Loadable/CropVolume/Logic/vtkSlicerCropVolumeLogic.cxx#L318-351

    2.4 如何从命令行中调用CLI模块?

    对于Windows操作系统,我们要使用Slicer应用程序的全名(文件名+后缀)。
    Slicer.exe --launch CastScalarVolume input.mha output.mha
    如果想要得到CLI模块支持的命令行参数帮助,运行:
    Slicer.exe --launch CastScalarVolume 
    c:SomeWriteAbleDirectoryusage.txt

    3.学习资源

    目前已经存在的CLI模块的源码:
    http://viewvc.slicer.org/viewvc.cgi/Slicer4/trunk/Modules/CLI/
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