文章转载自：doxygen相关问题 转 - 阿笨猫 - 博客园 (cnblogs.com)
我主要的设置有
现在 wizard对话框中大体设置下,然后
export设置:
project->DOXYFILE_ENCODING=GBK
project->OUTPUT_LANGUAGE=chinese
input->INPUT_ENCODING=GBK
Dot->HAVE_DOT
Dot-> UML_LOOK
Dot->CALL_GRAPH
Dot->CALLER_GRAPH
http://www.fmddlmyy.cn/text21.html
http://blog.csdn.net/fengrx/archive/2009/09/15/4554830.aspx
下载doxygen的binary 包
doxygen下载地址
http://www.10.xdowns.com/uploadFile/2007-7/doxygen.rar
为了使doxygen能够将类图、协作图等加入到文档中，还要下载安装graphviz for win。
graphviz 2.18下载：
http://www.graphviz.org/pub/graphviz/ARCHIVE/graphviz-2.18.exe
全部安装后就可以开始使用了。
运行doxygen wizard.exe
如 果你像我一样希望只通过图形界面运行doxygen的话，请在doxygen的bin目录中运行doxywizard.exe，这时按照doxygen根 目录下的文档（doxygen_manual-1.5.2.chm）中 Doxywizard usage一节的说明设置即可。主要包括，源码路径、工作路径、输出路径等。
点开始，即可生成文档
最后对文档生成过程中遇到的一些问题进行说明：
1 中文问题：中文注释在文档中是乱码。
解决：在expert中的INPUT选项页的INPUT_ENCODEING中填入“GB2312”，这样基于GB的文本编辑器生成的代码就可以正常使用了。
但是，还有一个无法彻底解决的问题就是，当输出语言为中文时左边的导航栏的所有中文仍然是乱码。哪位有解决方案，请务必告知！
2 图形问题：无法绘制类图协作图等图形。
首 先确保安装了graphviz for win，注意不是wingraphviz，后者是一个graphviz的com封装，但是doxygen并不是基于它开发的，所以装了也没用。然后在 expert的DOT_PATH中填入graphviz的安装路径。接着在wizard的diagram中选择需要生成的图形类别就可以了。
如果出现无法包含.map文件的错误，可以将工作目录设置成html，并将html中所有文件都清除再试。这个问题的原因还不太确定。
3 输出chm的问题：如何输出.chm文件
1. 你必须安装微软或其相兼容的chm编译系统。通常为HTML Help Workshop。
2. 首先在[Wizard...]的Output页面中，选择HTML，然后选择到prepare for compressed HTML(.chm)。
3. 其次在[Expert...]的HTML页面中，将HHC_LOCATION指向微软的hhc工具。通常为C:/Program Files/HTML Help Workshop/hhc.exe。然后点击OK，保存，编译即可。
HHC_LOCATION中输入hhc.exe文件的路径。hhc.exe可以通过安装HTML Help Workshop获得。
HTML Help Workshop 地址：
4 如何像MSDN那样在左边的树中显示函数列表？
打开[Expert...]的HTML页面，然后选中TOC_EXPAND即可。
5 如何去掉CHM附带的CHI文件？
注 意在默认情况下，CHM会有一个CHI文件，似乎是用来加速索引的。我本人也遇到过很多用户仅仅上传了CHM，而没有上传CHI文件，导致无法正常显示的 情况。我不知道是否可以通过工具重建CHI文件，但是我觉得关闭这个功能即可。打开[Expert...]的HTML页面，取消GENERATE_CHI 即可。
6 如何像MSDN那样右边每页显示一个函数？
这个问题其实比较棘手，在[Expert...]中的 Project页面，下面有一个选项叫做SEPARATE_MEMBER_PAGES，把这个选项选中，这样每个函数就是一个页。但是会有一个问题，那就 是右边页面的旁边多了所有函数的列表。很遗憾，经过研究，这个确实无法去掉。我的解决方法就是自己编译一下doxygen，在 memberlist.cpp的writeDocumentationPage函数中将 container->writeQuickMemberLinks(ol,md);连同附近几行屏蔽掉即可。
7 如何在CHM中去掉当选择SUBGROUPING后去掉分组的组信息？
这 个功能就是在chm的左边树中直接列出函数列表，而不用点击看右边页面了。这个功能需要修改源代码。在index.cpp中，屏蔽 writeGroupIndexItem函数的 Doxygen::indexList.addContentsItem，Doxygen::indexList.incContentsDepth和 Doxygen::indexList.decContentsDepth();即可，具体不解释了，一看便知。
8 如何修改或者去掉右下脚Generated at ...的文字？
打 开[Expert...]的HTML页面，然后在HTML_FOOTER中指定相应的HTML文件即可。注意HTML_FOOTER中至少包含BODY和 HTML结束标记。即一个最小的尾部HTML至少是这样</BODY></HTML>。同理，如果你要指定了 HTML_HEADER，他至少包含<HTML><HEAD></HEAD><BODY>
9 如何生成组？
组 就是可以把同类的函数放到一个根下的显示方式。doxygen支持grouping，即你可以把相关的代码通过标志，放到同一个组中，便于查看。这主要是 通过几个内置语法命令。首先通过@defgroup定义一个组，然后要把分组的函数或者类等，通过标志@ingroup加入相应的组。这样，相应的函数就 被放置在同一个组中。
10 如何生成中文帮助？
点击[Expert...]，在页Project 的OUTPUT_LANGUAGE，选择Chinese，这样输出的帮助提示信息就是中文。具体中文提示信息的文字在源代码中。
11 如何彻底解决DoxyGen的输出中文chm的乱码问题？
DoxyGen的实现中大概有三处编码的设置。首先是，doxyfile，也就是配置文件。其次，INPUT_ENCODING，也就是DoxyGen需要解析的输入文件的编码。最后，就是输出的编码。譬如CHM左边的索引编码。
首 先是chm的标题乱码，这个比较好解决，因为DoxyWizard使用QT做的界面，它内部做了转换，所以在DoxyWizard中输入中文，在保存的时 候，他自己做了转码，导致doxyfile中的最终的保存信息不正确。这个时候只需要用记事本打开doxyfile配置文件，输入相应中文即可。注意保存 的时候保存成ANSI编码即可。保存成其他格式的话可能需要去掉BOM，比较麻烦，没研究了。这个相应的编码设置在[Expert...]中，页 Project 的 DOXYFILE_ENCODING，不输入或者默认为UTF-8都行。
其次是右边内容乱码，这个多半是因为你没 有配置好输入的文件编码类型造成的。在[Expert...]的Input页面中，有一个INPUT_ENCODING，这个选项表示输入文件的编码方 式，这要和你处理的源文件格式一致。对于我们来说（使用vs的人），一般设置为GB2312。当然，再次声明，编码方式取决于源文件的编码方式。如果文件 编码已经是UTF-8了，然而你还将其设置成GB2312，那么DoxyGen会将UTF-8当成ANSI再进行一次UTF-8转换，自然会出错了。
最 后也是经常遇到的问题就是DoxyGen生成的CHM文件的左边树目录的中文变成了乱码。这个只需要将chm索引的编码类型修改为GB2312即可。在 HTML的CHM_INDEX_ENCODING中输入GB2312即可。然而这种方法下，还有一个瑕疵之处，就是chm的搜索页的搜索结果中显示的中文 文字却变成乱码了。这是因为DoxyGen默认开启了HTML Help Workshop的Full-text search全文搜索选项，他在进行全文搜索的时候，应该是打开文件然后按照ANSI进行搜索的，（资料表示HHW不支持UTF-8，仅支持ISO- 8859-1或者windows-1252编码。）而Doxygen生成的右边界面统一是UTF-8，这自然出现了问题。而在这种情况下做全文搜索，理论 上只能搜索英文。
无奈，我们的解决方案只能是重新编译DoxyGen代码，为了满足搜索，只要保证右边的页面文件不是UTF-8即可。 我们首先修改writeDefaultHeaderFile这个函数的代码，将其charset=GB2312。然后在 TranslatorDecoder的构造函数中修改m_toUtf8 = (void*)-1;即屏蔽文本写入时最终的转换函数。最后删除INPUT_ENCODING的设置或者输入UTF-8。这样会使DoxyGen认为我们 的文本是UTF-8的，从而不用进行转换。生成替换原始的DoxyGen即可。
另外需要补充的是，还有一种方案是不用修改作者的源代码，但是需要将DoxyGen生成的右边的HTML文件使用工具（如iconv）手工转换成GB2312，然后再使用HTML Help Workshop生成，网上有篇文章介绍过，我测试一下，也是没有问题的。
最后，doxygen是一个开源项目，并且支持vs2005项目，这样一来，如果你觉得哪里不顺手，完全可以把代码下载后自行编译。虽然我感觉doxygen的代码写的不能算是perfect，但是对于一个这样的工程，我们无论如何都需要一种敬意。祝好运~
这样，基本上就能够用doxygen生成漂亮的文档了。代码方面，doxygen支持多种格式的注释风格，根据manual选择自己喜欢的就好。