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  • insert size|single-read|Paired-end|Mate-pair

    (测序方面)测三只大熊猫;得到的insert size150bp500bp2kb5kb10kb这四种,可测得序列长度和平均reads长度。

    为什么average reads这么短?

    因为insert size是打断前的长度,打断之后便是reads,这里计算average reads长度。

    shotgun sequencing鸟枪法:直接从生物细胞基因组中获取目的基因的方式

    single-read :单端测序(200-500bp

    Paired-end :双末端测序(200-500bp)因为双末端测序,所以中间被测序列称为insertinsert 打断了之后的片段就是reads

    Mate-pair :(2000-10000bp):用来生成确定基因中reads位置的短片段(end)。将一类长序列打断成特定大小(只要小于长片段长度即可),之后采用化学方式将其修复(环化等),同时在两端加入生物素标记(这是为了下一次在长序列中标记位置所做的准备),再将这些环化后的序列打碎,捕获具有生物标记的片段。现在已知长序列的长度,和长序列两端的小序列内容,可以定位出该小序列在基因组上的位置,以便后期装入pair-end reads

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/11060826.html
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