$ samtools faidx t1.fa && echo "faidx built" $ cat t1.fa.fai scaffold332 2588 13 100 101 scaffold322 8291 2640 100 101 scaffold342 24194 11027 100 101 scaffold191 43246 35476 100 101 scaffold1157 21100 79169 100 101 $ samtools faidx t1.fa scaffold332 > scaffold332.fa $ cat scaffold332.fa |head -4 >scaffold332 TTCTGTGAGATCTCTCTGAAAAATAATTGAGAAATCAAGATATTTCAAGCTTTCAGTAAA AAGGTGAGGCGGAGAATGGAAAAGTGAAAAATTCAGAAGGAACTTGTTCCTAGATTACAG AGCAGTTTTAAAAATGAGGTAGACATCGGATAAGAAAACAGACCTCAGAAATGCCTAGGA $ cat scaffold332.fa |tail -4 CATTTGAGAGTAATTTCTAATACATGCAAGCCTTTGAACAGATGCTACATAAGACAGTCA GAAGCAATTTCTTAAAAAAAATAAAACAAGCACCCCCCAAACCCCAAAGCACCCACTGAG ACCTCAGTACGGCACAATGCTTAAGCATCTGCTCGAGCTTAGTTTCAGTACTTGTTAGGT CACACTGA
第一列 NAME : 序列的名称，只保留“>”后，第一个空白之前的内容；
第二列 LENGTH: 序列的长度， 单位为bp；
第三列 OFFSET : 第一个碱基的偏移量， 从0开始计数，换行符也统计进行；gff文件中的mRNA start那一列的值
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外， 其他代表序列的行的碱基数， 单位为bp；
第五列 LINEWIDTH : 行宽， 除了最后一行外， 其他代表序列的行的长度， 包括换行符， 在windows系统中换行符为 , 要在序列长度的基础上加2；