Genome Coverage and the OR Subgenome
因为:
爬行类动物的的gene numbers比较大,而birds 的 gene numbers 处于(182-688)
其中:
(1)gene 扩张和缩小(之后会详细说明)
(2)chicken and zebra finch (long insert sanger)were significantly larger than those in other birds(short insert NGS),
所以认为测序方法对 identity gene 有影响,但不知道影响大不大,所以,
evaluate:
(1)测序深度对data的影响:
1.整体考查所有物种及其depth的关系:
a scatter plot between the number of identified OR genes and sequencing depth
发现并不是正相关,所以认为测序方法对identity gene number的影响不大。
2.考查碱基平均depth和测序深度的关系:
其中,斑马雀和鸡的sequence depth 差不多,但是 normalized mapping depth 不同(如果normalized mapping depth 一致,则认为normalized mapping depth与测序深度有关系,整体看sequencing depth 与normalized mapping depth呈正相关),但是没有呈正相关,所以认为该图反应了真正的生物学特点。
normalized mapping depth:
(2)其他error对ORs gene number的影响:
虽然,短序列测序(低估size)和ORs相似序列的损失对gene numbers 都有影响,但是影响不大。(后续会证明)