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  • CRISPR/Cas9|InParanoid|orthoMCL|PanOCT|pan genome|meta genome|Core gene|CVTree3|

    生命组学:

    泛基因组学:用于描述一个物种基因组据细菌基因组动力学,因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大,(单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss,而人类基因组,在个体角度两个人之间基因组差异不到1%,主要是SNP,所以CRISPR/Cas9也由细菌得来),所以转而收集同一细菌物种中所有菌株中所有基因的并集。

    微生物基因组可塑性是细菌基因突变的基础,可以是环境改变使得基因的得到和丢失,由于寄居在宿主上导致基因丢失,细菌与另外生物的互作导致基因组中基因的增多。最终导致表型发生变化。

    方法:比较基因组学

    具体的说,1.可以通过自己VS自己找到相同share的部分,以此定义旁系同源基因构建2.利用演化树找到share区,通过gain&loss情况找到重要功能基因

    Core gene也就是保守序列,可以通过演化树表明在某个时间点加入,或早或晚。最小基因set是能保证生存的最少基因组。必须基因通过人为的实验设计得到,它具有条件依赖性(即在某种条件下是必须的),通常可应用在制药领域。 

    元基因组与泛基因组之间的关系,Population----pan genomeCommunity----meta genome,泛基因组的范围更加广,宏基因组仅局限于某个种群。

    鉴定直系同源基因:

    1.blast 参数2.双向最优匹配原则3.通过做物种A和物种B的演化树,根据其分支的位置是否一致或相似,来判断是否是直系同源基因。 

    tools

    寻找种间同源个体的toolsInParanoid&orthoMCL&PanOCT(其利用共线性,算法是CGN;其他位置上的基因是相似的,推得未知是区域直系同源)

    CVTree3是细菌选择分类tool 

    如今,重测序之后得到更大的数据量,据此得到更准确的分类。

    随时间流逝,闭合泛基因组是新基因组增长曲线呈下降趋势的基因组,开放泛基因组是增长曲线呈上升趋势的基因组。

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/11509695.html
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