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  • Physicoochemical|CG content|

    NCBI存在的问题:

    数据用户的增长

    软件开发受限

    数据分析缺乏

    有些传统束缚,仅用底层语言书写

    Pangenome

    Open gene是随菌株数量增大而增大的geneClosed gene是随菌株数量增大而趋于平滑的gene

    Mategenomics and longevity,例子:年轻人的粪便使得老年鱼活的时间更长

    Genomics for precision medicine

    研究碱基

    GC content,三个氢键比较稳定(S

    chargaff''s rule

     

    GC content与何种生物特性有关。

    比如与Genome size成正比。

    Eg:复制后突变使得CG content变高,用于研究演化。

    Eg:利用CG content 正负找到复制起始位点。

     

    Genetic codes

    因为先RNADNA,所以从AU开始。GCN中的N表四重简并位点。

    由左上角开始起源,GCP1GCP2GC-richAT-rich

    根据Physicoochemical分析可知:

    中间是A则是电极

    中间是C则是疏水

    中间是G则是复杂

    Modeling sequencing analyse

    S=CG

    R=AT

    连乘得到的密码子的content,在不同物种中比较,每个氨基酸的预期与实际比较,提示有密码子中的氨基酸活跃位点,利用氨基酸矩阵比较,验证了此想法,容易变化的位点是因为理化性质相似。

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/11941748.html
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