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  • reference-based measure|Distribution-based measure|密码子使用偏向性

    生命组学

     

    密码子使用偏向性是指同义密码子使用频率不同。

    影响因素:1.GC2.横向基因转移3.selection

    转录偏好于多的tRNA

    同种氨基酸但有密码子使用偏向。

    ======================

    发现密码子偏性的方法:

    1. 参考序列方法reference-based measure

    CAI:从010就是偏向性最小,1就是偏向性最大。

    Fop

    RSCU

    E(g)

    问题:1.参考集定义不清楚

    1. Distribution-based measure

    Nc

    Nc’:bias程度max20min61

    CBI

    卡方分析

    ===================

    整个GC含量一致的情况下,在密码子的不同位置(3个位置)GC含量都不同。

    ========================

    该应用存在的问题:

    没有考虑背景核酸组分

    没有显著性判断

    =====================

    CDC=1-cos()最后通过显著性检验来看偏性是否显著。

    CDC在不同物种中的分布,找到CDC最高的,发现p-value值较小的都是线粒体中的gene

    ======================

    未来趋势的一些案例:

    gene分为young and old

    同义替换和非同义替换

    gene特性与codon usage bias相关

    ==============================

    HK EIGEVG的表达量更多,选择性更强。

    15GC-ending,第三位不是G就是C

    dnaE2gene就是高GC gene,于是就发现了dnaE2

    ===================================

    最好做宏观分析

    放在种群里面,发现陆地菌的dnaE2的含量很高,dnaE2可以作为陆地菌的标志物,有dnaE2的菌的genome size比较大。

    进化假说图

     

    ============================

    Summary dnaE family

    ===============================

    Pangenomecore genome+dispensable genome+strain-specific genome

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/12026762.html
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