reference-based measure|Distribution-based measure|密码子使用偏向性

生命组学

 

密码子使用偏向性是指同义密码子使用频率不同。

影响因素：1.GC2.横向基因转移3.selection

转录偏好于多的tRNA。

同种氨基酸但有密码子使用偏向。

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发现密码子偏性的方法：

1. 参考序列方法reference-based measure

CAI：从0到1，0就是偏向性最小，1就是偏向性最大。

Fop

RSCU

E(g)

问题：1.参考集定义不清楚

1. Distribution-based measure

Nc

Nc’:bias程度max：20，min：61

CBI

卡方分析

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整个GC含量一致的情况下，在密码子的不同位置(3个位置)的GC含量都不同。

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该应用存在的问题：

没有考虑背景核酸组分

没有显著性判断

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CDC=1-cos()最后通过显著性检验来看偏性是否显著。

CDC在不同物种中的分布，找到CDC最高的，发现p-value值较小的都是线粒体中的gene。

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未来趋势的一些案例：

将gene分为young and old

同义替换和非同义替换

将gene特性与codon usage bias相关

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HK 的EIG和EVG的表达量更多，选择性更强。

15个GC-ending，第三位不是G就是C

有dnaE2的gene就是高GC 的gene，于是就发现了dnaE2。

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最好做宏观分析

放在种群里面，发现陆地菌的dnaE2的含量很高，dnaE2可以作为陆地菌的标志物，有dnaE2的菌的genome size比较大。

进化假说图 ：

 

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Summary dnaE family

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Pangenome：core genome+dispensable genome+strain-specific genome