蛋白质结构预测：
结构预测方法：4种
同源建模：HM目标，基于序列的方法
蛋白质线程：FR目标，序列-结构比对
从头算折叠方法：NF目标，建立结构而不引用现有结构
一致性方法：对由多个预测程序生成的某些候选人的预测进行投票
相互作用预测3种
蛋白质-蛋白质相互作用是指涉及相同的代谢途径或生物过程，或者属于同一结构复合物或分子机制。也就是物理接触，功能相关。
研究蛋白质-蛋白质相互作用的方法有系统发育谱法，基因邻域法和基因融合法，共进化法，蛋白质互作数据库和分类法。
蛋白质功能预测
基于序列的功能预测、基于结构的功能预测、基于基序的功能预测、系统发育谱分析、系统功能推断