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  • blast2go提示内存不足的解决办法

     Blast2GO Pipeline Version 2.5.0
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    Hash for resource ec2go_19072011.txt of type ec created. 4003 associations loaded.
    Blast2GO build: 23092011
    Change b2g-properties file to: ./b2gPipe.properties
    Blast2go.version=2.5.0
    Blast2GO V.2.5.0 started (without GUI)
    create new Project
    set new Project
    Hit description position set to: 5
    Hit description filter set to:
    GoWeight set to: 5.0
    Peu.Pep.Seq.fas.blast.nr.xml
    Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
            at java.util.Arrays.copyOf(Arrays.java:2367)
            at java.lang.AbstractStringBuilder.expandCapacity(AbstractStringBuilder.java:130)
            at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(AbstractStringBuilder.java:114)
            at java.lang.AbstractStringBuilder.append(AbstractStringBuilder.java:415)
            at java.lang.StringBuffer.append(StringBuffer.java:237)
            at es.blast2go.prog.blast.ParseBlastXml.parse(ParseBlastXml.java:125)
            at es.blast2go.prog.blast.ParseBlastXml.parseFile(ParseBlastXml.java:77)
            at es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe.<init>(B2GAnnotPipe.java:199)
            at es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe.main(B2GAnnotPipe.java:102)
     
    以上是错误提示。
    blast2go是一个java程序,在运行时可以对内存占用加以指定,参数如下:
    java -Xmx400g -Xms100g ...
    这样就将最大内存设置为400GB,最小占用内存设置为100GB。
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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/yumtaoist/p/2672435.html
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