Linux系统 awk sed R脚本 python脚本传入变量

sed 传入变量：

 chrI="chr2";sed -n "/$chrI/p" clippointpos.csv  #变量用$var表示，把sed的单引号变为双引号即可

awk 传入变量：

chrI="chr2";awk '/"'$chrI'"/{print $0}' clippointpos.csv  #变量用$var表示，变量两边再加上"'

R脚本传入变量：

arg <- commandArgs(T)
filename=arg[1]
outputfile=arg[2]

python脚本传入变量：

1. OptionParser传参

from optparse import OptionParser
def main():
    usage = "usage: %prog [options] arg"
    parser = OptionParser(usage)
    parser.add_option("-f", "--file", dest="filename",
                      help="read data from FILENAME")
    parser.add_option("-v", "--verbose",
                      action="store_true", dest="verbose")
    parser.add_option("-q", "--quiet",
                      action="store_false", dest="verbose")
    (options, args) = parser.parse_args()
    if options.verbose:
        print "reading %s..." % options.filename
   

if __name__ == "__main__":
    main()

2.sys模块传入变量

import sys
print sys.argv[0]  #python程序名
print sys.argv[1]  #传入的第一个变量