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  • 安装Fastqc软件遇到的坑

    由于之前的HPC太难用了,所以决定搬家到十楼的工作站,于是就免不了配置必要的工作环境,其中一个少不了要安装的软件是就是fastqc,因为它太常用了。

    我先是用conda安装,因为conda实在是太方便了,于是命令行:conda install fastqc  后面一路yes下去搞定,果然很顺利。

    可是当我准备用的时候,输入命令: fastqc,诶?居然神奇吧的出错了,错误如下:

    zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc 
    Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
    No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
        at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
        at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
        at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
        at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
        at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189)
        at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
        at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

    先是各种google,说是DISPLAY的设置问题,设置了一通都不成功。

    于是回头看提示里跟java相关,我以为java安装有问题,所以查看了下java:

    zdwu@ubuntu:~/software/FastQC/Templates/Icons$ java -version
    openjdk version "1.8.0_121"
    OpenJDK Runtime Environment (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 1.8.0_121-b15)
    OpenJDK 64-Bit Server VM (Zulu 8.20.0.5-linux64) (build 25.121-b15, mixed mode)

    java是安装了的,而且版本还很新,所以java环境应该没有问题。

    又以为是conda安装有问题,所以自己安装看看:

    自己按照说明安装Fastqc

    zdwu@ubuntu:~/software$ ls
    FastQC  fastqc_v0.11.7.zip  miniconda3  ref
    zdwu@ubuntu:~/software$ cd FastQC/
    zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ls
    cisd-jhdf5.jar  fastqc           Help         jbzip2-0.9.jar  LICENSE_JHDF5.txt  net  README.md   RELEASE_NOTES.txt  sam-1.103.jar  uk
    Configuration   fastqc_icon.ico  INSTALL.txt  LICENSE         LICENSE.txt        org  README.txt  run_fastqc.bat     Templates
    zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ chmod 755 fastqc ----设置完毕

    设置完毕后,运行fastqc看结果:

    zdwu@ubuntu:~/software/FastQC$ ./fastqc 
    Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
    No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
        at java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:204)
        at java.awt.Window.<init>(Window.java:536)
        at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:420)
        at java.awt.Frame.<init>(Frame.java:385)
        at javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:189)
        at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
        at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

    怎么会这样?......................

    于是去群里找linux牛人,牛人看了一会之后,建议进入root 下输入如下命令:

    root@ubuntu:~# echo $DESKTOP_SESSION

    就问我说操作系统是不是没有桌面,我去问管理员,管理说是server,果然没有桌面!

    原来没有安装桌面是java会报错呀!!!............

    哎,既然是这个原因,就先让管理员装上图形界面吧,其它后面再说........

    我至今都没搞明白为什么没有安装桌面,fastqc就不能正常运行。。。这个机理到底是神马?如果您知道麻烦请留言告诉我!

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/zdwu/p/8963714.html
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