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解决方法：
一：
windows-->preperences-->myeclipse-->application servers-->tomcat-->jdk
去掉类似 -Xms256M -Xmx512M -XX:PermSize=64M -XX:MaxPermSize=128M
二：
MyEclipse 6.0\eclipse\configuration\org.eclipse.update 下 删除last.config.stamp 这个文件
方法二我经过实践的，但是有些人提出重启MyEclipse 之后问题依然出现。
三：
本方法针对MyEclipse6.x版本有效
我的MyEclipse安装在C:\Program Files\MyEclipse 6.5
关闭MyEclipse,找到文件夹C:\Program Files\MyEclipse 6.5\eclipse\configuration\org.eclipse.update\
把last.config.stamp文件删掉，启动MyEclipse，Update Progress的警告对话框应该就不会出现了。
如果还不行的话，找到.metadata文件夹（这个文件夹位于MyEclipse的工作路径，不是安装路径），按照"org.eclipse.update*"搜索文件名，把找到的结果全都删除掉，再重新启动MyEclipse。
同时可以把自动更新的选项去掉：Window->Preferences->Install/Update->Automatic Updates，把Automatically find new updates and notify me的勾去掉