开始 运行（也可以按开始键+R键的组合键调出运行菜单） cmd 回车 （如果是window7用户，也可以按开始后直接在空白栏输入powershell,用window7最新的命令执行工具powershell来执行chkdsk命令）
打开dos 或 powershell 窗口后，执行如下命令：
输入 chkdsk （U盘盘符）
例如检查K盘需要输入：
chkdsk k:
这样是只读查询，能修复部分索引项丢失的问题。
特别强调：如果问 “是否将丢失的链接转换成文件”，一定选否（n）,然后按回车。window这样做只是想让我们很容易地看出“丢失”的文件，但是一旦它被转换成没有后缀名的文件后，我们将无法使用它，这样修复也就没有意义了。
如果出现上述情况，需要使用下面高级点的命令。
若出现较大问题，需要输入：
chkdsk （U盘盘符） :/f
例如：修复K盘就是 chkdsk k:/f
此时需强行卸下U盘内所有打开的句柄（首先需要关闭U盘所有打开的程序），然后windows独占U盘进行文件系统失误。此时修复能力大大提高。