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一份完整、清晰的阿米巴绩效考核方案，是企业推行阿米巴经营的关键。阿米巴绩效考核回归阿米巴经营原点，回归绩效的真正意义——培养阿米巴经营人才与阿米巴经营循环改善。在阿米巴经营模式下，考核结果并不与个人以及团队的收益挂钩。
企业推行绩效考评体系之前，首先要构建科学的企业绩效评价体系，如果脱离了企业绩效评价而直接进入阿米巴个人绩效考评，这样的考评系统将永远是空中楼阁。
比如有些企业制定出年度、月度经营计划，让各个阿米巴组织有了明确的自主经营目标。之后，又经过上下反复沟通，确定了获得整体认同的企业绩效分析及评价系统，并以此为基础构建基于公司整体绩效的员工个人阿米巴绩效考核方案，让阿米巴的一切经营行为直接应对组织绩效的改善。
阿米巴领导人、员工的个人收益也与公司的整体利益挂钩，全公司上下形成目标共同体、利益共同体，将激活了员工的经营意识和主动性，打造激情四射的集体，依靠全体智慧和努力完成企业经营目标，实现企业的飞速发展。
广东某食品加工企业在绩效考核中发现，由于乳化液的重量不达标，导致斩拌出品率远低于设计标准；在灌肠工序环节由于操作不熟练，造成肉料损耗过大；这些都是导致产品出品率低的根本原因。
为此，该公司把乳化液配置和斩拌工序成立一个阿米巴，品控部加强对乳化液进行抽检考核，从而稳定了斩拌乳化质量，斩拌出品率得到大幅度提高，并把相关责任落实到阿米巴组织，按阿米巴绩效考核方案进行奖罚，提高了阿米巴员工的工作积极性和责任感，乐意为降成本出谋划策。
该公司在阿米巴绩效考核方案不断完善修订后，更加细化了考核对象，进一步划小了核算单元，把阿米巴领导人作为成本费用管理的助推器，让成本管理思想渗入到每个员工的意识和行为中去。对生产过程中的投入产出情况，建立量化指标考核，并根据各工序的投入产出品率及各类物耗，对生产过程中实施阿米巴绩效考核方案，如灌肠出品率、原料利用率等指标都在薪酬考核中兑现，使每一个阿米巴组织投入产出比达到最大化，开拓了具有自己特色的阿米巴经营模式。
其次，提升阿米巴组织的业绩，一个高效的方法就是公布各阿米巴组织的平均绩效分数。通过公布各阿米巴组织的平均绩效分数，对于那些落后于平均绩效的阿米巴组织，将起到鞭策和激励的作用。
这种横向的绩效比较，刺激了各个阿米巴的竞争意识，催促阿米巴组织主动自发地改善经营，提升阿米巴的竞争力和效益。各个阿米巴在阿米巴绩效考核方案要求的压力面前，只有奋勇向前，而且要比其他阿米巴的业绩更为突出，也就形成阿米巴之间的良性竞争。在这样的竞争环境中，从而形成了千帆竞发的局面，促成企业整体经营目标的达成。因此，阿米巴绩效管理的制度、工具、方法，都是围绕企业战略目标和高效激励来设计。
阿米巴经营模式的核心是经营会计独立核算制度，阿米巴经营的目标只有一个，那就是“单位时间内追求销售额最大化和经费最小化”。以单位时间核算与数据化经营为导向，企业各部门都以完成任务和创造客户价值为导向展开阿米巴绩效考核方案的考核工作，对经营结果负责是第一定律。同时，倒逼企业各环节都必须成为为客户提供价值的环节，内部传递市场压力，让企业自主自动实现内部循环改善。
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