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  • gene ID,gene symbole,EnsembleID

    gene symbol: TP53

    gene ID:7157。Entrez Gene ID,它是目前国际上最权威的Gene ID编号

    GENECODE:GENECODE来自Ensembl数据库。没有ID。它有gtf文件。

    HGNC(人类基因命名委员会)只对人类基因进行命名。

    HUGO Gene Symbol:HUGO Gene Symbol(也叫做HGNC Symbol,即基因符号)是HGNC组织对基因进行命名描述的一个缩写标识符(如:TP53),这些基因符号都是唯一的。

    Gene Name:Gene Name是经过HGNC批准的全基因名称;对应于上面批准的符号(Gene Symbol)。例如TP53对应的Gene Name就是:tumor protein p53 。

    HGNC ID:HGNC ID是HGNC数据库分配的基因编号,每一个标准的Symbol都有对应的HGNC ID 。我们可以用这个编号,在HGNC数据库中搜索相关的基因。例如:HGNC:11998 有时候HGNC会对一些已经命名过的基因进行重新审查和重新命名,以确保新的基因命名在描述基因功能方面更加的准确。当一个基因被HGNC分配了新的Gene Symbol时,它之前的命名,会被当作同义词继续使用,所以一般建议使用HGNC ID而不是HGNC Symbol来作为我们处理数据中的唯一标识符。

    Ensembl ID:

    Ensembl:ENSG00000141510 即Ensembl数据库的ID编号,MIM:191170是来源于OMIM数据库(Online Mendelian Inheritance in Man ,人类孟德尔遗传在线数据库)的编号。Vega:OTTHUMG00000162125来自Vega数据库(Vertebrate Genome Annotation,脊椎动物基因组注释 )

     

    参考资料:https://cloud.tencent.com/developer/article/1358527

    Entrez ID

    Entrez ID是指的来自于NCBI旗下的Entrez gene数据库所使用的编号。
    每个基因的编号具有唯一性,包括不同种属生物间的同源基因编号也不相同,例如同样是TP53基因,人源TP53的Entrez ID为7157,zebrafish源的Entrez ID为30590,chichen源的Entrez ID为396200

      

    NCBI的GenBank:

    NCBI核酸序列数据库-GenBank

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11675327.html
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